checkm2_predict

Tags: quality-control completeness contamination machine-learning bacteria archaea sample-scope

Avalie a qualidade do genoma usando aprendizado de máquina.

Utiliza o CheckM2 para prever a completude e a contaminação de montagens de genomas. Ao contrário do CheckM original, ele usa um modelo de aprendizado de máquina de gradient boost para prever a qualidade sem depender de conjuntos de marcadores específicos de linhagem, tornando-o mais preciso para genomas novos ou reduzidos.

Banco de Dados Necessário

Requer que o banco de dados do CheckM2 (arquivo de banco de dados Diamond) esteja disponível.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

db: Path

Nome	Tipo	Descrição
db	Path	O arquivo de banco de dados do CheckM2 (*.dmnd)

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro de informações da amostra
tsv	Path	Relatório delimitado por tabulação com métricas de qualidade (Completude, Contaminação)
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do CheckM2

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--checkm2_lowmem	boolean		Modo de baixa memória. Reduz o tamanho do bloco do DIAMOND para diminuir significativamente o uso de RAM, em troca de um tempo de execução maior
--checkm2_general	boolean		Força o uso do modelo geral de previsão de qualidade (gradient boost)
--checkm2_specific	boolean		Força o uso do modelo específico de previsão de qualidade (rede neural)
--checkm2_allmodels	boolean		Gera a previsão de qualidade de ambos os modelos para cada genoma
--checkm2_genes	boolean		Trata os arquivos de entrada como arquivos de proteínas. [Padrão: False]
--checkm2_opts	string		Opções adicionais para passar ao CheckM2

Usado Por

Subworkflows

• checkm2 - Avalia a completude de bins de metagenoma usando CheckM2.

Workflows

• checkm2 - Avaliação baseada em aprendizado de máquina da qualidade de montagens de genomas microbianos.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• CheckM2
  Chklovksi A Rapid assessment of genome bin quality using machine learning (GitHub)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

CHECKM2_PREDICT:
    - checkm2: 1.1.0