checkm2_download
Tags: checkm2 download database diamond machine-learning sample-scope
Baixe o banco de dados pré-treinado do CheckM2.
Obtém o banco de dados Diamond necessário pelo CheckM2 para predição de qualidade de genomas. Este banco de dados contém os dados de treinamento do modelo de aprendizado de máquina.
Conexão com a Internet Necessária
Este processo requer uma conexão ativa com a internet para obter o banco de dados.
Saídas
record (
db: Path,
json: Path,
logs: Set<Path?>
)
| Campo | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
db | Path | O arquivo do banco de dados Diamond do CheckM2 (*.dmnd) |
json | Path | Arquivo de metadados descrevendo o conteúdo do banco de dados |
logs | Set<Path?> | Arquivos de log opcionais específicos do programa |
Parâmetros
Parâmetros de Download do Banco de Dados CheckM2
| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição |
|---|---|---|---|
--checkm2_db | string | Caminho para uma pasta contendo o banco de dados do CheckM2 (ou onde ele deve ser baixado). | |
--download_checkm2 | boolean | false | Baixa o banco de dados do CheckM2 para o caminho especificado por --checkm2_db |
Utilizado Por
Subworkflows
- checkm2 - Avalia a completude de bins metagenômicos usando CheckM2.
Workflows
- checkm2 - Avaliação baseada em aprendizado de máquina da qualidade de montagem de genomas microbianos.
Citações
Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
CheckM2
Chklovksi A Rapid assessment of genome bin quality using machine learning (GitHub)
Código-fonte
Versão
CHECKM2_DOWNLOAD:
- aria2: 1.36.0