busco

Tags: quality-control completeness genome assembly orthologs busco sample-scope

Avalie a completude da montagem do genoma usando ortólogos de cópia única.

Utiliza o BUSCO (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) para medir a completude de montagens de genomas, conjuntos de genes ou transcriptomas, comparando-os com um conjunto de ortólogos conservados específico para uma linhagem.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Relatório resumido de texto com o escore de completude (C/S/D/F/M%)
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do BUSCO

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--busco_lineage	string	bacteria_odb10	Especifica o nome da linhagem BUSCO a ser utilizada
--busco_evalue	string	1e-03	Valor de corte E-value para buscas BLAST. Formatos aceitos: 0.001 ou 1e-03
--busco_limit	integer	3	Total de regiões candidatas a considerar por BUSCO
--busco_metaeuk_parameters	string		Argumentos adicionais de primeira passagem do Metaeuk contidos dentro de um único par de aspas, separados por vírgulas
--busco_metaeuk_rerun_parameters	string		Argumentos adicionais de segunda passagem do Metaeuk contidos dentro de um único par de aspas, separados por vírgulas
--busco_use_augustus	boolean	false	Usa o preditor de genes Augustus para execuções em eucariotos
--busco_augustus_parameters	string		Argumentos adicionais do Augustus contidos dentro de um único par de aspas, separados por vírgulas
--busco_augustus_species	string		Especifica uma espécie para o treinamento do Augustus
--busco_augustus_long	boolean	false	Modo de auto-treinamento de otimização do Augustus

Usado Por

Subworkflows

• busco - Avalia a completude da montagem do genoma usando BUSCO.

Workflows

• busco - Avaliação da completude da montagem do genoma usando expectativas evolutivamente informadas.

Citações

Se você usar isto em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• BUSCO
  Manni M, Berkeley MR, Seppey M, Simão FA, Zdobnov EM BUSCO Update: Novel and Streamlined Workflows along with Broader and Deeper Phylogenetic Coverage for Scoring of Eukaryotic, Prokaryotic, and Viral Genomes. Molecular Biology and Evolution 38(10), 4647-4654. (2021)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

BUSCO:
    - busco: 6.0.0