btyper3

Tags: bacteria bacillus cereus typing virulence toxin amr mlst sample-scope

Tipagem e caracterização in silico de genomas do grupo Bacillus cereus.

Utiliza o BTyper3 para classificar isolados do grupo B. cereus. Determina o clado PanC, o Tipo de Sequência Multi-Locus (MLST) e realiza triagem de fatores de virulência, toxinas cristalinas (Bt) e genes de resistência antimicrobiana.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Record Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Record com informações da amostra
tsv	Path	Resultados de tipagem do grupo Bacillus cereus delimitados por tabulação, incluindo clado PanC e fatores de virulência
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do BTyper3

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--btyper3_virulence_identity	integer	70	Limiar mínimo de identidade percentual de aminoácidos/nucleotídeos para que um gene de virulência seja considerado presente
--btyper3_virulence_coverage	integer	80	Limiar mínimo de cobertura percentual para que um gene de virulência seja considerado presente
--btyper3_identity	integer	50	Limiar mínimo de identidade percentual de aminoácidos para que um gene de toxina Bt seja considerado presente
--btyper3_coverage	integer	70	Limiar mínimo de cobertura percentual para que um gene de toxina Bt seja considerado presente
--btyper3_overlap	number	0.7	Especifica a proporção máxima de sobreposição para que genes de toxina Bt sobrepostos sejam considerados genes separados
--btyper3_opts	string		Opções adicionais a serem passadas ao BTyper3

Utilizado Por

Subworkflows

• btyper3 - Classificação taxonômica in silico de genomas do grupo Bacillus cereus.

Workflows

• btyper3 - Classificação taxonômica de isolados do grupo Bacillus cereus.

Citações

Se você utilizar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• BTyper3
  Carroll LM, Cheng RA, Kovac J No Assembly Required: Using BTyper3 to Assess the Congruency of a Proposed Taxonomic Framework for the Bacillus cereus Group With Historical Typing Methods. Frontiers in Microbiology, 11, 580691. (2020)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

BTYPER3:
    - btyper3: 3.4.0