bracken

Tags: metagenomics classification taxonomy abundance kraken2 bracken krona sample-scope

Classificação taxonômica e estimativa de abundância.

Utiliza o Kraken2 para classificar reads em relação a um banco de dados taxonômico, seguido pelo Bracken (Bayesian Reestimation of Abundance with KrakEN) para estimar abundâncias relativas em um nível taxonômico específico. Também gera um gráfico interativo do Krona para visualização.

Utiliza campos de registro posicional explícitos para reads:

• Entrada: record(meta, r1, r2, se, lr) onde cada slot de read é Path?

Banco de Dados Necessário

Requer um banco de dados Kraken2/Bracken compatível (tarball).

Entradas

record (
    meta: Record,
    r1: Path?,
    r2: Path?,
    se: Path?,
    lr: Path?
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Groovy Record contendo informações da amostra
r1	Path?	Reads R1 Illumina (paired-end)
r2	Path?	Reads R2 Illumina (paired-end)
se	Path?	Reads Illumina single-end
lr	Path?	Long reads (ONT/PacBio) - geralmente não utilizados

db: Path

Nome	Tipo	Descrição
db	Path	Um tarball comprimido contendo o banco de dados Kraken2/Bracken

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    special_meta: Record,
    classified: Set<Path?>,
    unclassified: Set<Path?>,
    kraken2_report: Path,
    kraken2_output: Path?,
    bracken_report: Path,
    krona: Set<Path?>,
    abundances: Path,
    classification: Path,
    adjusted_abundances: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro de informações da amostra
tsv	Path	Resumo delimitado por tabulação das abundâncias de espécies primárias e secundárias do Bracken
special_meta	Record	Um registro de metadados simplificado para uso interno
classified	Set<Path?>	Reads classificados como pertencentes a algum dos táxons no banco de dados Kraken2
unclassified	Set<Path?>	Reads não classificados como pertencentes a nenhum dos táxons no banco de dados Kraken2
kraken2_report	Path	Relatório do Kraken2 contendo estatísticas sobre reads classificados e não classificados
kraken2_output	Path?	Arquivo de saída do Kraken2 contendo a classificação taxonômica de cada read
bracken_report	Path	Relatório do Bracken contendo estatísticas sobre reads classificados e não classificados
krona	Set<Path?>	Visualização HTML interativa do Krona
abundances	Path	Estimativas de abundância do Bracken para cada táxon
classification	Path	Detalhes de classificação por read do Bracken
adjusted_abundances	Path	Estimativas de abundância do Bracken ajustadas para reads não classificados
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do Kraken2 e Bracken

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--kraken2_db	string		Um único tarball ou caminho para um banco de dados no formato Kraken2
--kraken2_quick_mode	boolean	false	Operação rápida (usar o primeiro resultado ou resultados)
--kraken2_confidence	number	0.0	Limiar de pontuação de confiança entre 0 e 1
--kraken2_minimum_base_quality	integer	0	Qualidade mínima de base utilizada na classificação
--kraken2_use_mpa_style	boolean	false	Formatar a saída do relatório como o kraken-mpa-report do Kraken 1
--kraken2_report_zero_counts	boolean	false	Reportar contagens para TODOS os táxons, mesmo que as contagens sejam zero
--kraken2_report_minimizer_data	boolean	false	Incluir informações de minimizador e contagem de minimizadores distintos no relatório
--kraken2_use_names	boolean	false	Imprimir nomes científicos em vez de apenas taxids
--kraken2_memory_mapping	boolean	false	Evitar carregar o banco de dados na RAM
--kraken2_minimum_hit_groups	integer	2	Número mínimo de grupos de acertos necessários para realizar uma classificação
--kraken2_keep_filtered_reads	boolean	false	Manter os FASTQs classificados e não classificados produzidos pelo Kraken2
--kraken2_keep_raw_output	boolean	false	Manter o arquivo STDOUT produzido pelo Kraken2
--bracken_read_length	integer	0	Comprimento de read para obter todas as classificações (0 = determinar em tempo de execução)
--bracken_level	string	S	Nível para estimar a abundância
--bracken_threshold	integer	0	Reads necessários ANTES da estimativa de abundância para realizar a reestimativa
--bracken_max_secondary_percent	number	0.01	A porcentagem máxima de abundância para a espécie secundária; se excedida, a amostra permanecerá não classificada
--bracken_skip_krona	boolean	false	Pular a criação de um relatório Krona

Utilizado Por

Subworkflows

• bracken - Estimar a abundância de espécies a partir de reads metagenômicos.

Workflows

• bracken - Estimar a abundância taxonômica de amostras metagenômicas.

Citações

Se você utilizar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• Bracken
  Lu J, Breitwieser FP, Thielen P, and Salzberg SL Bracken: estimating species abundance in metagenomics data. PeerJ Computer Science, 3, e104. (2017)

• Kraken2
  Wood DE, Lu J, Langmead B Improved metagenomic analysis with Kraken 2. Genome Biology, 20(1), 257. (2019)

• Krona
  Ondov BD, Bergman NH, and Phillippy AM Interactive metagenomic visualization in a Web browser. BMC Bioinformatics, 12, 385. (2011)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

BRACKEN:
    - bactopia-teton: 1.1.4