blast_tblastx

Tags: blast tblastx alignment translation dna search fasta sample-scope

Pesquise um banco de dados de nucleotídeos traduzido usando uma consulta de nucleotídeos traduzida.

Utiliza o TBLASTX para alinhar sequências de nucleotídeos de consulta (traduzidas nos seis quadros de leitura) contra um banco de dados BLAST de nucleotídeos (também traduzido nos seis quadros de leitura). Isso é útil para identificar relações distantes entre sequências de nucleotídeos que apresentam divergência significativa, mas estrutura proteica conservada.

Entradas

record (
    meta: Record,
    blastdb: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
blastdb	Path	Um arquivo tarball comprimido contendo o banco de dados BLAST de nucleotídeos

query: Path

Nome	Tipo	Descrição
query	Path	Arquivo FASTA contendo sequências de nucleotídeos de consulta

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro de informações da amostra
tsv	Path	Resultados de alinhamento de nucleotídeos traduzido para nucleotídeos traduzido em formato delimitado por tabulação (BLAST outfmt 6)
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do TBLASTX

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--tblastx_query	string		Um arquivo FASTA contendo as sequências de consulta para o BLAST contra o banco de dados
--tblastx_outfmt	string	sseqid qseqid pident qlen slen length nident positive mismatch gapopen gaps qstart qend sstart send evalue bitscore	As colunas a incluir com -outfmt 6
--tblastx_opts	string		Opções adicionais a serem passadas ao BLASTN
--tblastx_qcov_hsp_perc	integer	50	Percentual de cobertura da consulta por hsp
--tblastx_max_target_seqs	integer	2000	Número máximo de sequências alinhadas a manter
--tblastx_use_genes	boolean	false	Executar BLAST contra sequências de genes em vez de contigs

Utilizado Por

Subworkflows

• tblastx - Traduz sequências de nucleotídeos de consulta e pesquisa banco de dados de nucleotídeos.

Workflows

• tblastx - Pesquisa contra bancos de dados de nucleotídeos traduzidos usando consultas de nucleotídeos traduzidas.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• BLAST
  Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL BLAST+: architecture and applications. BMC Bioinformatics 10, 421 (2009)

Código-fonte

Ver código-fonte no GitHub

Versão

BLAST_TBLASTX:
    - blast: 2.17.0