blast_tblastn

Tags: blast tblastn alignment translation protein dna search fasta sample-scope

Pesquise um banco de dados de nucleotídeos traduzido usando uma consulta de proteína.

Utiliza o TBLASTN para alinhar sequências de consulta de aminoácidos (FASTA) contra um banco de dados BLAST de nucleotídeos que foi traduzido dinamicamente nos seis quadros de leitura. Isso é útil para encontrar homólogos de genes em DNA genômico não anotado.

Entradas

record (
    meta: Record,
    blastdb: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
blastdb	Path	Um tarball comprimido contendo o banco de dados BLAST de nucleotídeos

query: Path

Nome	Tipo	Descrição
query	Path	Arquivo FASTA contendo sequências de consulta de aminoácidos

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Resultados de alinhamento proteína-para-nucleotídeo traduzido delimitados por tabulação (BLAST outfmt 6)
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do TBLASTN

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--tblastn_query	string		Um arquivo FASTA contendo as sequências de consulta para o BLAST contra o banco de dados
--tblastn_outfmt	string	sseqid qseqid pident qlen slen length nident positive mismatch gapopen gaps qstart qend sstart send evalue bitscore	As colunas a incluir com -outfmt 6
--tblastn_opts	string		Opções adicionais a passar para o BLASTN
--tblastn_qcov_hsp_perc	integer	50	Percentual de cobertura da consulta por hsp
--tblastn_max_target_seqs	integer	2000	Número máximo de sequências alinhadas a manter
--tblastn_use_genes	boolean	false	Realizar BLAST contra sequências de genes em vez de contigs

Usado Por

Subworkflows

• tblastn - Pesquisa sequências de consulta de proteínas contra banco de dados de nucleotídeos.

Workflows

• tblastn - Pesquisa contra bancos de dados de nucleotídeos traduzidos usando consultas de proteínas.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• BLAST
  Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL BLAST+: architecture and applications. BMC Bioinformatics 10, 421 (2009)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

BLAST_TBLASTN:
    - blast: 2.17.0