blast_blastx

Tags: blast blastx alignment translation protein dna search fasta sample-scope

Pesquise um banco de dados de proteínas usando uma consulta de nucleotídeos traduzida.

Utiliza o BLASTX para traduzir sequências de nucleotídeos (FASTA) nos seis quadros de leitura e alinhá-las contra um banco de dados de proteínas BLAST. Isso é útil para identificar potenciais regiões codificantes em DNA não anotado.

Entradas

record (
    meta: Record,
    blastdb: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
blastdb	Path	Um tarball comprimido contendo o banco de dados de proteínas BLAST

query: Path

Nome	Tipo	Descrição
query	Path	Arquivo FASTA contendo sequências de nucleotídeos para consulta

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Resultados de alinhamento nucleotídeo-proteína traduzido em formato delimitado por tabulação (BLAST outfmt 6)
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do BLASTX

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--blastx_query	string		Um arquivo FASTA contendo as sequências de consulta para alinhar contra o banco de dados
--blastx_outfmt	string	sseqid qseqid pident qlen slen length nident positive mismatch gapopen gaps qstart qend sstart send evalue bitscore	As colunas a incluir com -outfmt 6
--blastx_opts	string		Opções adicionais a serem passadas ao BLASTN
--blastx_qcov_hsp_perc	integer	50	Percentual de cobertura da consulta por hsp
--blastx_max_target_seqs	integer	2000	Número máximo de sequências alinhadas a manter

Usado Por

Subworkflows

• blastx - Traduz sequências de nucleotídeos e pesquisa banco de dados de proteínas.

Workflows

• blastx - Pesquisa em bancos de dados de proteínas BLAST usando consultas de nucleotídeos traduzidas.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• BLAST
  Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL BLAST+: architecture and applications. BMC Bioinformatics 10, 421 (2009)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

BLAST_BLASTX:
    - blast: 2.17.0