bakta_download
Tags: bacteria database download annotation bakta setup run-scope
Baixe o banco de dados de anotação Bakta.
Obtém o banco de dados pré-compilado necessário pelo Bakta para anotação de genomas. O banco de dados contém clusters UniProt, genes de AMR e outros dados de referência necessários para uma anotação abrangente de genomas bacterianos.
Este processo requer uma conexão ativa com a internet e espaço significativo em disco para armazenar os arquivos do banco de dados. O banco de dados 'light' tem ~1,5GB, enquanto o banco de dados 'full' tem ~30GB descomprimido.
Saídas
record (
db: Path?,
db_tarball: Path?,
logs: Set<Path?>
)
| Campo | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
db | Path? | O diretório do banco de dados Bakta contendo os dados de referência de anotação |
db_tarball | Path? | Um tarball comprimido do banco de dados (se solicitado via parâmetros) |
logs | Set<Path?> | Arquivos de log opcionais específicos do programa |
Parâmetros
Parâmetros de Download do Bakta
| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição |
|---|---|---|---|
--bakta_db | string | Tarball ou caminho para o banco de dados Bakta | |
--bakta_db_type | string | full | Qual banco de dados Bakta baixar: 'full' (~30GB) ou 'light' (~2GB) (opções: full, light) |
--bakta_save_as_tarball | boolean | false | Salvar o banco de dados Bakta como um tarball |
--download_bakta | boolean | false | Baixar o banco de dados Bakta para o caminho indicado em --bakta_db |
Usado Por
Subworkflows
- bakta - Anotação rápida de genomas bacterianos.
Workflows
- bactopia - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa.
- bakta - Anotação rápida de genomas bacterianos e plasmídeos.
- staphopia - Pipeline de análise abrangente para isolados de Staphylococcus aureus.
Citações
Se você usar isso em sua análise, cite o seguinte.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
Bakta
Schwengers O, Jelonek L, Dieckmann MA, Beyvers S, Blom J, Goesmann A Bakta - rapid and standardized annotation of bacterial genomes via alignment-free sequence identification. Microbial Genomics 7(11) (2021)
Fonte
Versão
BAKTA_DOWNLOAD:
- bakta: 1.12.0