bactopia_teton

Tags: taxonomy genome-size routing filtering bacteria sizemeup bracken sample-scope

Preveja o tamanho do genoma e encaminhe amostras com base na classificação taxonômica.

Usa o SizeMeUp para processar relatórios de abundância do Bracken, estimar o tamanho do genoma para as espécies identificadas e dividir as amostras nas listas "Bacteria" (para análise posterior com Bactopia) e "Non-Bacteria".

Entradas

record (
    meta: Record,
    classification: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
classification	Path	Relatório de abundância de espécies do Bracken

Saídas

record (
    meta: Record,
    bacteria_tsv: Path,
    nonbacteria_tsv: Path,
    sizemeup: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
bacteria_tsv	Path	Uma planilha de amostras delimitada por tabulação, compatível com Bactopia (--samples), para amostras identificadas como Bacteria
nonbacteria_tsv	Path	Uma planilha de amostras delimitada por tabulação para amostras NÃO identificadas como Bacteria
sizemeup	Path	Um arquivo de texto contendo a espécie prevista e o tamanho do genoma
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Usado Por

Subworkflows

• teton - Realiza classificação taxonômica e estima tamanhos de genomas bacterianos.

Workflows

• teton - Classificação taxonômica e perfilamento de abundância de reads metagenômicos.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• Bracken
  Lu J, Breitwieser FP, Thielen P, and Salzberg SL Bracken: estimating species abundance in metagenomics data. PeerJ Computer Science, 3, e104. (2017)

• sizemeup
  Petit III RA sizemeup: A simple tool to retrieve the genome size for a given species name or tax ID (GitHub)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

BACTOPIA_TETON:
    - bactopia-teton: 1.1.4