bactopia_datasets

Tags: download database setup amr mlst minhash sourmash gtdb run-scope

Baixe datasets pré-compilados necessários pelo Bactopia.

Busca os datasets principais (AMR, MLST, Mash, Sourmash) hospedados pelo projeto Bactopia. Esses dados são usados para popular o cache local para uso offline.

Conexão com a Internet Necessária

Este processo requer uma conexão ativa com a internet para buscar arquivos de datasets.bactopia.com.

Saídas

record (
    amrfinderplus_db: Path,
    mlst_db: Path,
    mash_db: Path,
    sourmash_db: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
amrfinderplus_db	Path	Um tarball comprimido do banco de dados do AMRFinderPlus
mlst_db	Path	Um tarball comprimido dos esquemas do PubMLST
mash_db	Path	Sketches pré-computados do Mash (RefSeq)
sourmash_db	Path	Assinaturas pré-computadas do Sourmash (GTDB)

Usado Por

Subworkflows

• bactopia_datasets - Baixa e fornece datasets pré-compilados necessários pelo Bactopia.

Workflows

• amrfinderplus - Ferramenta Bactopia: Amrfinderplus.
• bactopia - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa.
• merlin - Seleção e execução de ferramentas espécie-específicas assistidas por MinMER.
• staphopia - Pipeline de análise abrangente para isolados de Staphylococcus aureus.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• AMRFinderPlus
  Feldgarden M, Brover V, Haft DH, Prasad AB, Slotta DJ, Tolstoy I, Tyson GH, Zhao S, Hsu C-H, McDermott PF, Tadesse DA, Morales C, Simmons M, Tillman G, Wasilenko J, Folster JP, Klimke W Validating the NCBI AMRFinder Tool and Resistance Gene Database Using resistencia antimicrobiana Genotype-Phenotype Correlations in a Collection of NARMS Isolates. Antimicrob. Agents Chemother. (2019)

• mlst
  Seemann T mlst: scan contig files against PubMLST typing schemes (GitHub)

• Mash
  Ondov BD, Treangen TJ, Melsted P, Mallonee AB, Bergman NH, Koren S, Phillippy AM Mash: fast genome and metagenome distance estimation using MinHash. Genome Biol 17, 132 (2016)

• Sourmash
  Brown CT, Irber L sourmash: a library for MinHash sketching of DNA. JOSS 1, 27 (2016)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

BACTOPIA_DATASETS:
    - gnu-wget: 1.18