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bactopia_assembler

Tags: bacteria assembly hybrid shovill dragonflye unicycler illumina nanopore sample-scope

Monte genomas bacterianos usando estratégias de reads curtos, reads longos ou híbridos.

Seleciona automaticamente o montador apropriado com base nos tipos de reads de entrada:

  • Reads Paired-End Curtos: Usa Shovill (wrapper SKESA/SPAdes).
  • Reads Single-End Curtos: Usa Shovill (wrapper SKESA/SPAdes).
  • Reads Longos: Usa Dragonflye (wrapper Flye/Miniasm).
  • Híbrido: Usa Unicycler ou Dragonflye (com polimento).

Estatísticas resumidas de cada montagem são geradas usando assembly-scan.

Usa entrada de registro nomeado com slots de reads explícitos (r1, r2, se, lr, assembly) como Path?.

Quando o runtype é 'assembly' ou 'assembly_accession' e --reassemble não está definido,

a montagem original é usada sem remontagem.

Entradas​

record (
    meta: Record,
    r1: Path?,
    r2: Path?,
    se: Path?,
    lr: Path?,
    fna: Path?
)
CampoTipoDescrição
metaRecordRegistro Groovy contendo informações da amostra
r1Path?Reads Illumina R1 (paired-end)
r2Path?Reads Illumina R2 (paired-end)
sePath?Reads Illumina single-end
lrPath?Reads longos (ONT/PacBio) para montagem de reads longos ou híbrida
fnaPath?Arquivo de montagem (FASTA) para runtypes baseados em montagem

Saídas​

record (
    meta: Record,
    fna: Path?,
    r1: Path?,
    r2: Path?,
    se: Path?,
    lr: Path?,
    tsv: Path?,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)
CampoTipoDescrição
metaRecordRegistro de informações da amostra
fnaPath?Contigs montados em formato FASTA
r1Path?Reads Illumina R1 passados adiante
r2Path?Reads Illumina R2 passados adiante
sePath?Reads single-end passados adiante
lrPath?Reads longos passados adiante
tsvPath?Relatório delimitado por tabulação das estatísticas de montagem (N50, comprimento, cobertura)
resultsSet<Path>Todos os arquivos de saída a serem publicados
logsSet<Path?>Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logsSet<Path>Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versionsSet<Path>Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Parâmetros​

Parâmetros do Montador​

ParâmetroTipoPadrãoDescrição
--shovill_assemblerstringskesaMontador a ser usado pelo Shovill (opções: skesa, megahit, spades, velvet)
--dragonflye_assemblerstringflyeMontador a ser usado pelo Dragonflye (opções: flye, miniasm, raven)
--use_unicyclerbooleanUsar Unicycler para montagem paired-end
--min_contig_leninteger500Comprimento mínimo do contig <0=AUTO>
--min_contig_covinteger2Cobertura mínima do contig <0=AUTO>
--contig_namefmtstringFormato dos IDs FASTA dos contigs no estilo 'printf'
--shovill_optsstringOpções extras do montador entre aspas para Shovill
--shovill_kmersstringK-mers a utilizar <em branco=AUTO>
--dragonflye_optsstringOpções extras do montador entre aspas para Dragonflye
--trimbooleanHabilitar trimagem de adaptadores
--no_stitchbooleanDesabilitar costura de reads para reads paired-end
--no_corrbooleanDesabilitar correção pós-montagem
--unicycler_modestringnormalModo de bridging usado pelo Unicycler (opções: conservative, normal, bold)
--min_component_sizeinteger1000Extremidades mortas do grafo menores que este tamanho (bp) serão removidas do grafo final
--min_dead_end_sizeinteger1000Extremidades mortas do grafo menores que este tamanho (bp) serão removidas do grafo final
--nanohqbooleanfalsePara Flye, usar '--nano-hq' em vez de --nano-raw
--medaka_modelstringO modelo a ser usado para polimento com Medaka
--medaka_roundsinteger0O número de rodadas de polimento com Medaka a realizar
--racon_roundsinteger1O número de rodadas de polimento com Racon a realizar
--no_polishbooleanPular a etapa de polimento da montagem
--no_miniasmbooleanPular o bridging miniasm+Racon
--no_rotatebooleanNão rotacionar replicons completos para iniciar em um gene padrão
--reassemblebooleanfalseSe os reads foram simulados, eles serão usados para criar uma nova montagem.
--polypolish_roundsinteger1Número de rodadas de polimento com Polypolish para polimento com reads curtos
--pilon_roundsinteger0Número de rodadas de polimento com Pilon para polimento com reads curtos

Usado Por​

Subworkflows​

  • bactopia_assembler - Monte genomas bacterianos usando seleção automatizada de montador.

Workflows​

  • bactopia - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa.
  • staphopia - Pipeline de análise abrangente para isolados de Staphylococcus aureus.

Citações​

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

Fonte​

Ver fonte no GitHub

Versão​

BACTOPIA_ASSEMBLER:
    - bactopia-assembler: 1.0.5