ariba_run

Tags: fastq local-assembly antimicrobial-resistance virulence ariba sample-scope

Identificar genes por montagem local de reads.

Utiliza o ARIBA (resistencia antimicrobiana Identification By Assembly) para detectar genes de resistência antimicrobiana e virulência criando montagens locais a partir de reads paired-end.

Utiliza campos de registro posicionais explícitos para reads:

• Entrada: record(meta, r1, r2) onde cada slot de read é um Path

Entradas

record (
    meta: Record,
    r1: Path,
    r2: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Groovy Record contendo informações da amostra
r1	Path	Reads Illumina R1 (paired-end)
r2	Path	Reads Illumina R2 (paired-end)

db: Path

Nome	Tipo	Descrição
db	Path	Um banco de dados preparado pelo ARIBA

Saídas

record (
    meta: Record,
    report: Path,
    summary: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro de informações da amostra
report	Path	Relatório detalhado delimitado por tabulação dos resultados de detecção de genes
summary	Path	Resumo condensado separado por vírgulas dos genes detectados
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log específicos do programa (opcionais)
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do Ariba Run

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--ariba_db	string		Banco de dados a ser consultado; se não estiver disponível, será baixado para o caminho informado em --datasets_cache (opções: argannot, card, ncbi, megares, plasmidfinder, resfinder, srst2_argannot, vfdb_core, vfdb_full, virulencefinder)
--ariba_nucmer_min_id	integer	90	Identidade mínima de alinhamento (delta-filter -i)
--ariba_nucmer_min_len	integer	20	Identidade mínima de alinhamento (delta-filter -i)
--ariba_nucmer_breaklen	integer	200	Valor a ser usado para -breaklen ao executar nucmer
--ariba_assembly_cov	integer	50	Cobertura de reads alvo ao amostrar reads para montagem
--ariba_min_scaff_depth	integer	10	Número mínimo de pares de reads necessários como evidência para ligação de scaffold entre dois contigs
--ariba_spades_options	string		Opções extras a serem passadas ao montador Spades
--ariba_assembled_threshold	number	0.95	Se a proporção do gene montado (independentemente de quantos contigs) for pelo menos este valor, a flag gene_assembled é definida
--ariba_gene_nt_extend	integer	30	Número máximo de nucleotídeos para estender as extremidades das correspondências de genes em busca de códons de início/parada
--ariba_unique_threshold	number	0.03	Se a proporção de bases no gene montado mais de uma vez for <= este valor, a flag unique_contig é definida
--ariba_no_clean	boolean		Não remover os arquivos intermediários criados pelo Ariba.

Usado Por

Subworkflows

• ariba - Identificar genes rapidamente criando montagens locais a partir de reads paired-end.

Workflows

• ariba - Identificação de genes por meio de montagens locais.

Citações

Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• Ariba
  Hunt M, Mather AE, Sánchez-Busó L, Page AJ, Parkhill J, Keane JA, Harris SR ARIBA: rapid resistencia antimicrobiana genotyping directly from sequencing reads. Microb Genom 3, e000131 (2017)

Fonte

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Versão

ARIBA_RUN:
    - ariba: 2.14.7