ariba_getref

Tags: bacteria database download antimicrobial-resistance virulence ariba setup run-scope

Baixe e prepare bancos de dados de referência para análise com ARIBA.

Utiliza o ARIBA para buscar bancos de dados de referência curados (por exemplo, CARD, ResFinder, VFDB, PlasmidFinder) e prepará-los para detecção de genes baseada em montagem local. O banco de dados é indexado e empacotado em um arquivo tarball para uso com ariba run.

Conexão com a Internet Necessária

Este processo requer uma conexão ativa com a internet para baixar o banco de dados especificado.

Entradas

db_name: String

Nome	Tipo	Descrição
db_name	String	Nome do banco de dados a ser baixado (por exemplo, 'card', 'resfinder', 'vfdb_core', 'plasmidfinder')

Saídas

record (
    db: Path,
    logs: Set<Path?>
)

Campo	Tipo	Descrição
db	Path	Um arquivo tarball comprimido contendo o banco de dados ARIBA preparado
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa

Usado Por

Subworkflows

• ariba - Identifica genes rapidamente criando montagens locais a partir de reads pareados.

Workflows

• ariba - Identificação de genes por meio de montagens locais.

Citations

If you use this in your analysis, please cite the following.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• Ariba
  Hunt M, Mather AE, Sánchez-Busó L, Page AJ, Parkhill J, Keane JA, Harris SR ARIBA: rapid resistencia antimicrobiana genotyping directly from sequencing reads. Microb Genom 3, e000131 (2017)

• MEGARes
  Lakin SM, Dean C, Noyes NR, Dettenwanger A, Ross AS, Doster E, Rovira P, Abdo Z, Jones KL, Ruiz J, Belk KE, Morley PS, Boucher C MEGARes: an resistencia antimicrobiana database for high throughput sequencing. Nucleic Acids Res. 45, D574-D580 (2017)

• SRST2
  Inouye M, Dashnow H, Raven L-A, Schultz MB, Pope BJ, Tomita T, Zobel J, Holt KE SRST2: Rapid genomic surveillance for public health and hospital microbiology labs. Genome Med. 6, 90 (2014)

• VirulenceFinder
  Joensen KG, Scheutz F, Lund O, Hasman H, Kaas RS, Nielsen EM, Aarestrup FM Real-time whole-genome sequencing for routine typing, surveillance, and outbreak detection of verotoxigenic Escherichia coli. J. Clin. Microbiol. 52, 1501-1510 (2014)

Fonte

Ver código-fonte no GitHub

Versão

ARIBA_GETREF:
    - ariba: 2.14.7