amrfinderplus_update

Tags: bacteria database antimicrobial-resistance update download ncbi sample-scope

Baixe e indexe o banco de dados mais recente do AMRFinder+.

Obtém os bancos de dados mais recentes do AMRFinder+ a partir do NCBI, indexa-os e os empacota em um arquivo tarball.

Manutenção Interna

Este processo é utilizado principalmente de forma interna pelo Bactopia para construir e atualizar os conjuntos de dados integrados.

Saídas

record (
    db: Path,
    logs: Set<Path?>
)

Campo	Tipo	Descrição
db	Path	Um tarball comprimido do banco de dados mais recente do AMRFinder+
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• AMRFinderPlus
  Feldgarden M, Brover V, Haft DH, Prasad AB, Slotta DJ, Tolstoy I, Tyson GH, Zhao S, Hsu C-H, McDermott PF, Tadesse DA, Morales C, Simmons M, Tillman G, Wasilenko J, Folster JP, Klimke W Validating the NCBI AMRFinder Tool and Resistance Gene Database Using resistencia antimicrobiana Genotype-Phenotype Correlations in a Collection of NARMS Isolates. Antimicrob. Agents Chemother. (2019)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

AMRFINDERPLUS_UPDATE:
    - ncbi-amrfinderplus: 4.2.7