amrfinderplus_run

Tags: bacteria fasta antimicrobial-resistance virulence ncbi amr genes proteins sample-scope

Identifique genes de resistência antimicrobiana e virulência em sequências de genes ou proteínas.

Utiliza o AMRFinder+ para rastrear sequências de nucleotídeos ou proteínas contra o Banco de Dados de Genes de Referência do NCBI. Ele identifica genes de resistência antimicrobiana, mutações pontuais associadas à resistência e outras classes selecionadas de genes por meio de anotações proteicas e/ou sequências de nucleotídeos montadas.

Requer banco de dados externo disponível

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path,
    faa: Path,
    gff: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Sequências de nucleotídeos de genes no formato FASTA
faa	Path	Sequências opcionais de aminoácidos de proteínas no formato FASTA
gff	Path	Anotação genômica opcional no formato GFF3

db: Path

Nome	Tipo	Descrição
db	Path	Um tarball comprimido do banco de dados AMRFinderPlus para consulta

Saídas

record (
    meta: Record,
    report: Path,
    mutation_report: Path?,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro de informações da amostra
report	Path	Um relatório delimitado por tabulação dos genes de resistência antimicrobiana e fatores de virulência identificados
mutation_report	Path?	Mutações pontuais específicas do organismo associadas à resistência antimicrobiana
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do AMRFinder+

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--amrfinderplus_ident_min	number	-1	Proporção mínima de aminoácidos idênticos no alinhamento para um hit (0..1)
--amrfinderplus_coverage_min	number	0.5	Cobertura mínima da proteína de referência (0..1)
--amrfinderplus_organism	string		Grupo taxonômico para executar rastreamentos adicionais
--amrfinderplus_translation_table	integer	11	Código genético do NCBI para BLAST traduzido
--amrfinderplus_noplus	boolean	false	Desativa a execução do AMRFinder+ com a opção --plus
--amrfinderplus_report_common	boolean	false	Reportar proteínas comuns a um grupo taxonômico
--amrfinderplus_report_all_equal	boolean	false	Reportar todos os hits de BLAST e HMM com pontuação igual
--amrfinderplus_opts	string		Opções extras do AMRFinder+ entre aspas.
--amrfinderplus_db	string		Um banco de dados AMRFinder+ personalizado para uso, seja um tarball ou uma pasta

Usado Por

Subworkflows

• amrfinderplus - Encontra genes de resistência antimicrobiana e mutações pontuais.

Workflows

• amrfinderplus - Bactopia Tool: Amrfinderplus.
• bactopia - Pipeline abrangente de análise bacteriana para caracterização genômica completa.
• staphopia - Pipeline de análise abrangente para isolados de Staphylococcus aureus.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• AMRFinderPlus
  Feldgarden M, Brover V, Haft DH, Prasad AB, Slotta DJ, Tolstoy I, Tyson GH, Zhao S, Hsu C-H, McDermott PF, Tadesse DA, Morales C, Simmons M, Tillman G, Wasilenko J, Folster JP, Klimke W Validating the NCBI AMRFinder Tool and Resistance Gene Database Using resistencia antimicrobiana Genotype-Phenotype Correlations in a Collection of NARMS Isolates. Antimicrob. Agents Chemother. (2019)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

AMRFINDERPLUS_RUN:
    - ncbi-amrfinderplus: 4.2.7