agrvate

Tags: bacteria assembly fasta typing virulence staphylococcus aureus agr sample-scope

Determine o tipo de locus agr e variantes do operon em Staphylococcus aureus.

Utiliza o AgrVATE para tipar o locus do regulador do gene acessório (agr), um sistema de quorum sensing crítico para a virulência de Staphylococcus aureus.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados de Staphylococcus aureus no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Resumo delimitado por tabulação do tipo de locus agr e variantes do operon
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do AgrVATE

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--agrvate_typing_only	boolean	false	Realiza apenas a tipagem agr. Ignora a extração do operon agr e a detecção de frameshift

Utilizado Por

Subworkflows

• agrvate - Identifica o tipo de locus agr e variantes do operon de Staphylococcus aureus.

Workflows

• agrvate - Identificação rápida do tipo de locus agr e variantes do operon agr de Staphylococcus aureus.

Citações

Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• AgrVATE
  Raghuram V. AgrVATE: Rapid identification of Staphylococcus aureus agr locus type and agr operon variants. (GitHub)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

AGRVATE:
    - agrvate: 1.0.2