abritamr_run

Tags: bacteria assembly fasta antimicrobial-resistance nata amrfinderplus sample-scope

Detectar genes de resistência antimicrobiana e virulência.

Utiliza o abriTAMR, um pipeline acreditado pela NATA (National Association of Testing Authorities), para reportar a presença de genes de resistência antimicrobiana relevantes. Ele funciona como um wrapper para AMRFinderPlus, formatado para os padrões de relatórios clínicos utilizados em Victoria, Austrália.

Entradas

record (
    meta: Record,
    fna: Path
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações da amostra
fna	Path	Contigs montados no formato FASTA

Saídas

record (
    meta: Record,
    summary: Path?,
    matches: Path,
    partials: Path,
    virulence: Path,
    amrfinder: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
summary	Path?	Resumo do relatório AMR acreditado pela NATA em formato delimitado por tabulação
matches	Path	Lista de genes AMR correspondentes em formato delimitado por tabulação
partials	Path	Lista de genes AMR parcialmente correspondentes em formato delimitado por tabulação
virulence	Path	Lista de genes de virulência detectados em formato delimitado por tabulação
amrfinder	Path	Saída bruta do AMRFinderPlus
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log específicos do programa (opcionais)
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Parâmetros

Parâmetros do abriTAMR

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--abritamr_species	string		Usar mutações pontuais específicas da espécie; é necessário fornecer uma espécie válida
--abritamr_identity	integer		Identidade mínima das correspondências com amrfinder (0 - 1.0); utiliza o padrão do amrfinder por padrão

Usado Por

Subworkflows

• abritamr - Identificar genes de resistência antimicrobiana usando AMRFinderPlus.

Workflows

• abritamr - Uma ferramenta acreditada pela NATA para reportar a presença de genes de resistência antimicrobiana.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• abriTAMR
  Sherry NL, Horan KA, Ballard SA, Gonҫalves da Silva A, Gorrie CL, Schultz MB, Stevens K, Valcanis M, Sait ML, Stinear TP, Howden BP, and Seemann T An ISO-certified genomics workflow for identification and surveillance of resistencia antimicrobiana. Nature Communications, 14(1), 60. (2023)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

ABRITAMR_RUN:
    - abritamr: 1.2.0