abricate_summary

Tags: bacteria tab-delimited antimicrobial-resistance run-scope

Resumir os resultados do rastreamento do Abricate.

Usa o Abricate para agregar os relatórios de rastreamento por amostra em um único arquivo de resumo delimitado por tabulação.

Entradas

record (
    meta: Record,
    reports: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro Groovy contendo informações de agregação
reports	Set<Path>	Uma coleção de arquivos de relatório do Abricate de múltiplas amostras

Saídas

record (
    meta: Record,
    tsv: Path,
    results: Set<Path>,
    logs: Set<Path?>,
    nf_logs: Set<Path>,
    versions: Set<Path>
)

Campo	Tipo	Descrição
meta	Record	Registro com informações da amostra
tsv	Path	Resumo agregado delimitado por tabulação dos resultados do Abricate de todas as amostras
results	Set<Path>	Todos os arquivos de saída a serem publicados
logs	Set<Path?>	Arquivos de log opcionais específicos do programa
nf_logs	Set<Path>	Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin
versions	Set<Path>	Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Usado Por

Subworkflows

• abricate - Rastreamento em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência.

Workflows

• abricate - Rastreamento em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência.

Citações

Se você usar este módulo em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• Abricate
  Seemann T Abricate: mass screening of contigs for antimicrobial and virulence genes (GitHub)

Fonte

Ver fonte no GitHub

Versão

ABRICATE_SUMMARY:
    - abricate: 1.4.0