abricate_run
Tags: bacteria assembly fasta antimicrobial-resistance virulence plasmid mobile-genetic-elements sample-scope
Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência.
Realiza triagem de montagens para genes de resistência antimicrobiana e virulência utilizando Abricate. Inclui diversas bases de dados, como NCBI, CARD, ResFinder, PlasmidFinder, ARG-ANNOT e VFDB.
O Abricate agrupa múltiplas bases de dados, incluindo NCBI, CARD, ResFinder, PlasmidFinder, ARG-ANNOT e VFDB.
Entradas
record (
meta: Record,
fna: Path
)
| Campo | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
meta | Record | Registro Groovy contendo informações da amostra |
fna | Path | Contigs montados no formato FASTA |
Saídas
record (
meta: Record,
tsv: Path,
results: Set<Path>,
logs: Set<Path?>,
nf_logs: Set<Path>,
versions: Set<Path>
)
| Campo | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
meta | Record | Registro com informações da amostra |
tsv | Path | Relatório de hits separado por tabulações; para mais detalhes, consulte Abricate - Output |
results | Set<Path> | Todos os arquivos de saída a serem publicados |
logs | Set<Path?> | Arquivos de log específicos do programa (opcionais) |
nf_logs | Set<Path> | Arquivos de log específicos do Nextflow (ex.: .command.{begin |
versions | Set<Path> | Arquivo no formato YAML com as versões dos programas |
Parâmetros
Parâmetros do Abricate
| Parâmetro | Tipo | Padrão | Descrição |
|---|---|---|---|
--abricate_db | string | ncbi | Base de dados a utilizar |
--abricate_minid | integer | 80 | Percentual mínimo de identidade de DNA |
--abricate_mincov | integer | 80 | Percentual mínimo de cobertura de DNA |
Usado Por
Subworkflows
- abricate - Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência.
Workflows
- abricate - Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência.
Citações
Se você utilizar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.
-
Bactopia
Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020) -
Abricate
Seemann T Abricate: mass screening of contigs for antimicrobial and virulence genes (GitHub)
Fonte
Versão
ABRICATE_RUN:
- abricate: 1.4.0