Modules

Bactopia inclui 104 módulos -- processos individuais que executam tarefas específicas de análise. Você também pode navegar por tag.

Módulo	Descrição
abricate_run	Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência.
abricate_summary	Resumir os resultados da triagem do Abricate.
abritamr_run	Detectar genes de resistência antimicrobiana e virulência.
agrvate	Determinar o tipo de locus agr e variantes do operon em Staphylococcus aureus.
amrfinderplus_run	Identificar genes de resistência antimicrobiana e virulência em sequências de genes ou proteínas.
amrfinderplus_update	Baixar e indexar o banco de dados mais recente do AMRFinder+.
ariba_getref	Baixar e preparar bancos de dados de referência para análise com ARIBA.
ariba_run	Identificar genes por montagem local de reads.
bactopia_assembler	Montar genomas bacterianos usando estratégias de reads curtos, reads longos ou híbrida.
bactopia_datasets	Baixar conjuntos de dados pré-compilados exigidos pelo Bactopia.
bactopia_gather	Buscar, validar, reunir ou simular amostras de entrada.
bactopia_qc	Controle de qualidade automatizado, correção de erros e subamostragem de reads.
bactopia_sketcher	Criar esboços genômicos e realizar classificação taxonômica rápida.
bactopia_teton	Prever o tamanho do genoma e encaminhar amostras com base na classificação taxonômica.
bakta_download	Baixar o banco de dados de anotação do Bakta.
bakta_run	Anotação rápida e padronizada de genomas bacterianos e plasmídeos.
blast_blastn	Pesquisar um banco de dados de nucleotídeos usando uma consulta de nucleotídeos.
blast_blastp	Pesquisar um banco de dados de proteínas usando uma consulta de proteínas.
blast_blastx	Pesquisar um banco de dados de proteínas usando uma consulta de nucleotídeos traduzida.
blast_tblastn	Pesquisar um banco de dados de nucleotídeos traduzido usando uma consulta de proteínas.
blast_tblastx	Pesquisar um banco de dados de nucleotídeos traduzido usando uma consulta de nucleotídeos traduzida.
bracken	Classificação taxonômica e estimativa de abundância.
btyper3	Tipagem e caracterização in silico de genomas do grupo Bacillus cereus.
busco	Avaliar a completude da montagem do genoma usando ortólogos de cópia única.
checkm2_download	Baixar o banco de dados pré-treinado do CheckM2.
checkm2_predict	Avaliar a qualidade do genoma usando aprendizado de máquina.
checkm_lineagewf	Avaliar a qualidade do genoma usando conjuntos de marcadores específicos de linhagem.
clermontyping	Determinar o filogrupo de isolados de Escherichia coli.
clonalframeml	Inferência de recombinação em genomas bacterianos.
csvtk_concat	Concatenar múltiplos arquivos CSV ou TSV em uma única tabela.
csvtk_join	Unir dois arquivos CSV ou TSV com base em campos comuns.
deacon_fetch	Obter um índice deacon pré-construído para filtragem de reads do hospedeiro.
deacon_filter	Filtrar reads do hospedeiro de dados de sequenciamento usando comparação baseada em minimizadores.
deacon_index	Construir um índice de minimizadores deacon a partir de um genoma de referência FASTA.
defensefinder_run	Detectar sistemas de defesa anti-fago usando perfis HMM.
defensefinder_update	Baixar e empacotar os bancos de dados de modelos DefenseFinder e CasFinder.
ectyper	Prever o sorotipo de Escherichia coli (antígenos O e H).
eggnog_download	Baixar o banco de dados eggNOG para anotação funcional.
eggnog_mapper	Anotação funcional de proteínas usando dados de ortologia eggNOG.
emmtyper	Tipagem emm de montagens de Streptococcus pyogenes (Streptococcus do Grupo A).
fastani	Calcular a Identidade Nucleotídica Média (ANI) de genomas completos.
gamma	Identificação, classificação e anotação de correspondências de genes traduzidos.
genotyphi_parse	Analisar resultados do Mykrobe para genotipar Salmonella Typhi.
gigatyper	Executar todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem.
gtdbtk_classifywf	Classificação taxonômica de genomas bacterianos e arqueais usando GTDB-Tk.
gtdbtk_download	Baixar e configurar o banco de dados de referência do GTDB-Tk.
gubbins	Detectar recombinação e construir uma filogenia livre de recombinação.
hicap	Prever o sorotipo capsular de Haemophilus influenzae.
hpsuissero	Prever o sorotipo de Haemophilus parasuis.
iqtree	Inferência filogenômica eficiente usando Máxima Verossimilhança.
ismapper	Identificar sítios de inserção e orientação de elementos genéticos móveis.
kleborate	Genotipagem e triagem de montagens de genomas de Klebsiella.
kraken2	Classificação taxonômica e filtragem do hospedeiro de reads de sequenciamento.
legsta	Tipagem Baseada em Sequência (SBT) in silico de Legionella pneumophila.
lissero	Prever o sorogrupo de Listeria monocytogenes.
mash_dist	Calcular distâncias genômicas usando esboços MinHash.
mashtree	Construção rápida de árvore filogenômica sem alinhamento.
mcroni	Detectar variações de sequência no gene de resistência à colistina mcr-1.
meningotype	Sorotipagem e finotyping de Neisseria meningitidis.
merlin_dist	Identificar espécies para acionar análises posteriores específicas do gênero (Merlin).
midas_download	Baixar o banco de dados de referência MIDAS.
midas_species	Estimar a abundância de espécies bacterianas a partir de reads metagenômicos.
mlst	Tipagem por Sequência Multi-Locus (MLST) automática de montagens de genomas.
mobsuite_recon	Reconstruir e tipar plasmídeos a partir de uma montagem de genoma bacteriano.
mykrobe_predict	Prever Resistência Antimicrobiana (AMR) para espécies bacterianas suportadas.
ncbigenomedownload	Baixar montagens e arquivos de anotação do banco de dados Assembly do NCBI.
ngmaster	Sorotipagem e Tipagem por Sequência Multi-Antígeno (MAST) de Neisseria gonorrhoeae.
nohuman_download	Baixar o banco de dados nohuman para remoção de reads humanos.
nohuman_run	Remover reads humanos de dados de sequenciamento.
panaroo_run	Análise rápida e escalável de pan-genoma bacteriano usando abordagem baseada em grafos.
pasty	Prever o sorogrupo do antígeno O de isolados de Pseudomonas aeruginosa.
pbptyper	Prever o tipo de Proteína Ligante de Penicilina (PBP) de montagens de Streptococcus pneumoniae.
phispy	Prever regiões de profago integradas em genomas bacterianos.
pirate	Ferramenta de Identificação e Reconciliação de Pangenoma para Epidemiologia (PIRATE).
plasmidfinder	Identificar tipos de replicons plasmidiais em sequências bacterianas e montagens.
pneumocat	Tipagem capsular de Streptococcus pneumoniae a partir de reads Illumina.
prokka	Anotar genomas procarióticos.
quast	Ferramenta de Avaliação de Qualidade para Montagens de Genomas.
rgi_heatmap	Criar mapas de calor de presença/ausência de genes de resistência.
rgi_main	Prever resistência a antibióticos a partir de montagens.
roary	Análise rápida de pan-genoma procariótico em larga escala.
sccmec	Identificar elementos SCCmec em genomas de Staphylococcus aureus.
scoary	Estudos de associação pan-genômica ampla.
seqsero2	Predição de sorotipo de Salmonella a partir de dados de sequenciamento genômico.
seroba_run	Sorotipagem de Streptococcus pneumoniae baseada em k-mer.
shigapass	Prever sorotipos de Shigella e diferenciar Shigella/EIEC.
shigatyper	Sorotipo de Shigella a partir de reads Illumina ou Oxford Nanopore.
shigeifinder	Sorotipagem de Shigella e EIEC a partir de montagens.
sistr	Predição de sorovar de montagens de Salmonella.
snippy_core	Alinhamento de SNPs do core a partir de saídas do Snippy.
snippy_run	Chamada rápida de variantes haploides e alinhamento do genoma core.
snpdists	Criar uma matriz de distâncias de SNP a partir de um alinhamento de múltiplas sequências.
spatyper	Identificar tipos spa em Staphylococcus aureus.
srahumanscrubber_initdb	Inicializar o banco de dados de remoção de reads humanos para o SRA Human Scrubber.
srahumanscrubber_scrub	Remover reads humanos de arquivos FASTQ.
ssuissero	Predição de sorotipo de montagens de Streptococcus suis.
staphopiasccmec	Tipagem SCCmec baseada em primers de genomas de S. aureus.
staphscan	Análise de vigilância baseada em genoma de Staphylococcus aureus.
stecfinder	Sorotipo de E. coli produtora de Shiga toxina usando reads/montagens.
sylph_profile	Perfilar amostras de metagenoma contra um banco de dados usando Sylph.
tbprofiler_collate	Consolidar resultados do TB-Profiler de múltiplas amostras.
tbprofiler_profile	Detectar resistência e linhagens de genomas de Mycobacterium tuberculosis.
traitar_download	Baixar o banco de dados Pfam exigido pelo Traitar.
traitar_run	Prever características fenotípicas a partir de genomas microbianos.