bactopia-test

Execute suítes nf-test para componentes do Bactopia.

Descobre e executa arquivos nf-test em módulos, subworkflows e workflows. Os resultados são classificados por status e exibidos como uma tabela resumida. Os logs por teste são salvos em um diretório logs/.

Uso

bactopia-test [OPTIONS]

Opções Obrigatórias

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--bactopia-path	STRING		Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado
--test-data	STRING		Diretório contendo os dados do bactopia-tests (define a variável de ambiente BACTOPIA_TESTS). Obrigatório a menos que --cleanup seja usado

Limpeza

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--cleanup	BOOL	false	Encontra e remove todos os arquivos temporários .nf-test/, depois encerra (nenhum teste é executado)
--dry-run	BOOL	false	Com --cleanup, lista o que seria removido sem excluir
--keep	BOOL	false	Mantém os diretórios .nf-test/ e os logs após a conclusão dos testes (útil para depuração)

Seleção de Testes

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--tier	CHOICE (modules, subworkflows, workflows, all)	all	Qual nível de componente testar
--include	STRING		Lista de nomes de componentes separados por vírgula para incluir
--exclude	STRING		Lista de nomes de componentes separados por vírgula para excluir

Opções de Execução

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--profile	CHOICE (docker, singularity, conda)	docker	Perfil Nextflow a ser usado nos testes
--condadir	STRING	/home/rpetit3/.bactopia/conda	Diretório onde os ambientes Conda são armazenados (a variável de ambiente NXF_CONDA_CACHEDIR tem precedência)
--singularity_cache	STRING	/home/rpetit3/.bactopia/singularity	Diretório onde as imagens Singularity são armazenadas (a variável de ambiente NXF_SINGULARITY_CACHEDIR tem precedência)
--generate	BOOL	false	Modo de geração: exclui snapshots e executa duas vezes para verificar a reprodutibilidade
--jobs	INT	64	Número de workers de teste paralelos
--fail-fast	BOOL	false	Para na primeira falha de teste em vez de continuar
--timeout	INT	90	Tempo limite por teste em minutos. Cada subprocesso nf-test é encerrado após esse período. Defina como 0 para desativar

Opções de Saída

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--outdir	STRING	.	Diretório onde a pasta logs/ será criada
--json	BOOL	false	Exibe os resultados em formato JSON

Opções Adicionais

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--verbose	BOOL	false	Exibe texto relacionado à depuração
--silent	BOOL	false	Apenas erros críticos serão exibidos
--version, -V	BOOL	false	Exibe a versão e encerra.