bactopia-summary

Gera uma tabela de resumo a partir dos resultados do Bactopia.

Uso

bactopia-summary [OPTIONS]

Opções Obrigatórias

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--bactopia-path, -b	STRING		Diretório onde os resultados do Bactopia estão armazenados

Limites para Ouro

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--gold-coverage, -gcov	INT	100	Cobertura mínima necessária para o status Ouro
--gold-quality, -gqual	INT	30	Pontuação média mínima de qualidade por read necessária para o status Ouro
--gold-read-length, -glen	INT	95	Comprimento médio mínimo de read necessário para o status Ouro
--gold-contigs, -gcontigs	INT	100	Contagem máxima de contigs necessária para o status Ouro

Limites para Prata

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--silver-coverage, -scov	INT	50	Cobertura mínima necessária para o status Prata
--silver-quality, -squal	INT	20	Pontuação média mínima de qualidade por read necessária para o status Prata
--silver-read-length, -slen	INT	75	Comprimento médio mínimo de read necessário para o status Prata
--silver-contigs, -scontigs	INT	200	Contagem máxima de contigs necessária para o status Prata

Limites de Falha

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--min-coverage, -mincov	INT	20	Cobertura mínima necessária para aprovação
--min-quality, -minqual	INT	12	Pontuação média mínima de qualidade por read necessária para aprovação
--min-read-length, -minlen	INT	49	Comprimento médio mínimo de read necessário para aprovação
--max-contigs	INT	500	Contagem máxima de contigs necessária para aprovação
--min-assembled-size	INT		Tamanho mínimo do genoma montado
--max-assembled-size	INT		Tamanho máximo do genoma montado

Opções Adicionais

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--outdir, -o	PATH	./	Diretório para gravar a saída
--prefix, -p	STRING	bactopia	Prefixo a ser usado nos arquivos de saída
--force	BOOL	false	Sobrescrever relatórios existentes
--verbose	BOOL	false	Exibir texto relacionado a depuração
--silent	BOOL	false	Apenas erros críticos serão exibidos
--version, -V	BOOL	false	Exibir a versão e sair.