bactopia-search

Consulte ENA e SRA para acessões públicas a serem processadas com Bactopia

Uso

bactopia-search [OPTIONS]

Opções Obrigatórias

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--query, -q	STRING		ID de Táxon ou acessão de Estudo, BioSample ou Run (também pode ser separado por vírgulas ou um arquivo de acessões)

Opções de Consulta

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--exact-taxon	BOOL	false	Excluir descendentes do ID de Táxon
--provider	CHOICE (ena, sra)	ena	Provedor a ser consultado primeiro, com fallback para o outro
--only-provider	BOOL	false	Consultar apenas o --provider informado, sem fallback
--limit, -l	INT	1000000	Número máximo de resultados (por consulta) a retornar
--accession-limit, -al	INT	5000	Número máximo de acessões a consultar de uma vez
--biosample-subset	INT	0	Se um BioSample tiver múltiplos Experimentos, número máximo a selecionar aleatoriamente (0 = desativado)
--include-empty	BOOL	false	Incluir colunas de metadados que estão vazias em todas as linhas

Opções de Filtragem

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--min-base-count, -mbc	INT	0	Filtra amostras com base na contagem mínima de pares de bases (0 = desativado)
--min-read-length, -mrl	INT	0	Filtra amostras com base no comprimento médio mínimo dos reads (0 = desativado)
--min-coverage, -mc	INT	0	Filtra amostras com base na cobertura mínima (requer --genome_size, 0 = desativado)

Opções Adicionais

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--genome-size, -gsize	INT	0	Tamanho do genoma a ser usado para todas as amostras e para calcular a cobertura mínima
--use-ncbi-genome-size	BOOL	false	Se disponível, usar o tamanho do genoma do NCBI para a espécie
--outdir, -o	STRING	./	Diretório para gravar a saída
--prefix, -p	STRING	bactopia	Prefixo a ser usado para os nomes dos arquivos de saída
--force	BOOL	false	Sobrescrever relatórios existentes
--verbose	BOOL	false	Exibir texto relacionado a debug
--silent	BOOL	false	Apenas erros críticos serão exibidos
--version, -V	BOOL	false	Exibir a versão e sair.