bactopia-scaffold

Estruture componentes do Bactopia a partir de pacotes bioconda/conda-forge.

Uso

bactopia-scaffold COMMAND [OPTIONS]

Subcomandos

Comando	Descrição
bactopia-scaffold lookup	Busca informações de pacotes no Anaconda e verifica componentes existentes.
bactopia-scaffold module	Gera arquivos de modulo a partir de uma configuração de design.
bactopia-scaffold subworkflow	Gera arquivos de subworkflow a partir de uma configuração de design.
bactopia-scaffold test-data	Descobre caminhos de dados de teste a partir de testes de modulos existentes.
bactopia-scaffold tool	Gera os três níveis (modulo + subworkflow + workflow) para uma bactopia-tool.

---

lookup

Busca informações de pacotes no Anaconda e verifica componentes existentes.

bactopia-scaffold lookup PACKAGE [OPTIONS]

Argumentos

Argumento	Tipo	Obrigatório	Descrição
PACKAGE	STRING	Sim

Opções Obrigatórias

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--bactopia-path	STRING		Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado

Opções de Consulta

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--channel	STRING		Força um canal específico (bioconda ou conda-forge). Padrão: tenta bioconda primeiro, depois conda-forge
--max-retry	INT	3	Número máximo de tentativas para consultas à API. (Padrão: 3)

Opções de Saída

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--json	BOOL	false	Exibe JSON simples
--pretty	BOOL	false	Exibe JSON formatado

Opções Adicionais

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--verbose	BOOL	false	Exibe texto de depuração
--silent	BOOL	false	Apenas erros críticos serão exibidos

---

module

Gera arquivos de modulo a partir de uma configuração de design.

bactopia-scaffold module [OPTIONS]

Opções

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--config	PATH		Arquivo de configuração de design em JSON
--bactopia-path	STRING		Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado
--dry-run	BOOL	false	Mostra o que seria criado sem gravar os arquivos
--json	BOOL	false	Exibe JSON simples
--pretty	BOOL	false	Exibe JSON formatado
--verbose	BOOL	false	Exibe texto de depuração
--silent	BOOL	false	Apenas erros críticos serão exibidos

---

subworkflow

Gera arquivos de subworkflow a partir de uma configuração de design.

bactopia-scaffold subworkflow [OPTIONS]

Opções

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--config	PATH		Arquivo de configuração de design em JSON
--bactopia-path	STRING		Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado
--dry-run	BOOL	false	Mostra o que seria criado sem gravar os arquivos
--json	BOOL	false	Exibe JSON simples
--pretty	BOOL	false	Exibe JSON formatado
--verbose	BOOL	false	Exibe texto de depuração
--silent	BOOL	false	Apenas erros críticos serão exibidos

---

test-data

Descobre caminhos de dados de teste a partir de testes de modulos existentes.

bactopia-scaffold test-data [OPTIONS]

Opções Obrigatórias

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--input-type	CHOICE (assembly, assembly_reads, genbank, gff, proteins, reads)		Tipo de entrada a ser pesquisado nos testes existentes
--bactopia-path	STRING		Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado

Opções de Saída

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--json	BOOL	false	Exibe JSON simples
--pretty	BOOL	false	Exibe JSON formatado

Opções Adicionais

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--verbose	BOOL	false	Exibe texto de depuração
--silent	BOOL	false	Apenas erros críticos serão exibidos

---

tool

Gera os três níveis (modulo + subworkflow + workflow) para uma bactopia-tool.

bactopia-scaffold tool [OPTIONS]

Opções

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--config	PATH		Arquivo de configuração de design em JSON
--bactopia-path	STRING		Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado
--dry-run	BOOL	false	Mostra o que seria criado sem gravar os arquivos
--json	BOOL	false	Exibe JSON simples
--pretty	BOOL	false	Exibe JSON formatado
--verbose	BOOL	false	Exibe texto de depuração
--silent	BOOL	false	Apenas erros críticos serão exibidos