bactopia-pubmlst-setup

Configuração única para interagir com a API do PubMLST

Uso

bactopia-pubmlst-setup [OPTIONS]

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
`--client-id, -ci`	STRING		O ID do cliente para o site
`--client-secret, -cs`	STRING		O segredo do cliente para o site

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
`--site, -s`	CHOICE (pubmlst, pasteur)	`pubmlst`	Exibir apenas a citação correspondente a um determinado nome
`--database, -d`	STRING	`pubmlst_yersinia_seqdef`	O banco de dados do organismo a ser utilizado na configuração. Nota: o padrão está disponível tanto no PubMLST quanto no Pasteur
`--save-dir, -sd`	STRING	`/home/rpetit3/.bactopia`	O diretório onde o token será salvo
`--force`	BOOL	`false`	Forçar a substituição de arquivos de token existentes

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
`--verbose`	BOOL	`false`	Exibir texto relacionado a depuração
`--silent`	BOOL	`false`	Apenas erros críticos serão exibidos
`--version, -V`	BOOL	`false`	Exibir a versão e sair.