bactopia-pubmlst-build

Construa bancos de dados PubMLST para uso com a Ferramenta Bactopia 'mlst'.

Uso

bactopia-pubmlst-build [OPTIONS]

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
`--database, -d`	STRING		Um banco de dados de organismo conhecido para baixar. (Use 'all' para baixar todos os bancos de dados.)

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
`--ignore`	STRING	`afumigatus,blastocystis,calbicans,cbotulinum,cglabrata,ckrusei,ctropicalis,csinensis,kseptempunctata,rmlst,sparasitica,test,tpallidum,tvaginalis`	Uma lista separada por vírgulas de bancos de dados a ignorar
`--skip-download`	BOOL	`false`	Pular o download dos arquivos do banco de dados
`--skip-blast`	BOOL	`false`	Pular a construção do banco de dados BLAST
`--force`	BOOL	`false`	Forçar a sobrescrita de arquivos existentes

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
`--site, -s`	CHOICE (pubmlst, pasteur)	`pubmlst`	Imprimir apenas a citação correspondente a um determinado nome
`--token-dir, -t`	STRING	`/home/rpetit3/.bactopia`	O diretório onde o arquivo de token é salvo
`--out-dir, -o`	STRING	`./bactopia-mlst`	O diretório onde os arquivos do banco de dados serão salvos

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
`--verbose`	BOOL	`false`	Imprimir texto relacionado a depuração
`--silent`	BOOL	`false`	Apenas erros críticos serão impressos
`--version, -V`	BOOL	`false`	Mostrar a versão e sair.