bactopia-prune

Remove ambientes Bactopia desatualizados que não correspondem mais às versões atuais dos módulos.

Uso

bactopia-prune [OPTIONS]

Opções Obrigatórias

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--bactopia-path	STRING		Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado

Opções de Limpeza

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--envtype	CHOICE (conda, docker, singularity, all)	all	O tipo de ambiente a verificar quanto a itens desatualizados
--wf	STRING		Verificar apenas os ambientes do fluxo de trabalho especificado (padrão: todos os fluxos de trabalho)
--condadir	STRING	/home/rpetit3/.bactopia/conda	Diretório onde os ambientes Conda estão armazenados (a variável de ambiente NXF_CONDA_CACHEDIR tem precedência)
--registry	STRING	quay.io	Registry para comparar os containers Docker
--singularity_cache	STRING	/home/rpetit3/.bactopia/singularity	Diretório onde as imagens Singularity estão armazenadas (a variável de ambiente NXF_SINGULARITY_CACHEDIR tem precedência)
--singularity_pull_docker_container	BOOL	false	Usar nomenclatura baseada em Docker para imagens Singularity
--execute	BOOL	false	Remover efetivamente os ambientes desatualizados. O padrão é execução simulada (somente relatório)

Opções Adicionais

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--verbose	BOOL	false	Exibir texto relacionado a depuração
--silent	BOOL	false	Apenas erros críticos serão exibidos
--version, -V	BOOL	false	Exibir a versão e sair.