bactopia-prepare

Crie um 'arquivo de nomes de arquivos' (FOFN) de amostras a serem processadas pelo Bactopia

Uso

bactopia-prepare [OPTIONS]

Opções Obrigatórias

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--path, -p	STRING		Diretório onde os arquivos FASTQ estão armazenados

Opções de Correspondência

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--assembly-ext, -a	STRING	.fna.gz	Extensão das montagens FASTA
--fastq-ext, -f	STRING	.fastq.gz	Extensão dos arquivos FASTQ
--fastq-separator	STRING	_	Divide o nome do FASTQ na última ocorrência do separador
--pe1-pattern	STRING	`[Aa]	[Rr]1
--pe2-pattern	STRING	`[Bb]	[Rr]2
--merge	BOOL	false	Sinaliza amostras com múltiplos conjuntos de reads para serem mescladas pelo Bactopia
--ont	BOOL	false	Reads single-end devem ser tratados como reads Oxford Nanopore
--hybrid	BOOL	false	Amostras com reads paired-end e single-end serão configuradas para montagem híbrida Illumina-first (requer --ont)
--short-polish	BOOL	false	Amostras com reads paired-end e single-end serão configuradas para montagem híbrida Nanopore-first (requer --ont)
--recursive, -r	BOOL	false	Os diretórios serão percorridos recursivamente
--prefix	STRING		Prefixo a ser adicionado ao caminho

Opções de Informação da Amostra

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--metadata	STRING		Metadados por amostra com informações de tamanho do genoma e espécie
--genome-size, -gsize	INT	0	Tamanho do genoma a ser usado para todas as amostras
--species, -s	STRING	UNKNOWN_SPECIES	Espécie a ser usada para todas as amostras (se disponível, pode ser usada para determinar o tamanho do genoma)
--taxid	STRING		Usa o tamanho do genoma do ID de Táxon para todas as amostras

Opções Adicionais

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--examples	BOOL	false	Imprime exemplos de uso
--verbose	BOOL	false	Imprime texto relacionado a depuração
--silent	BOOL	false	Apenas erros críticos serão impressos
--version, -V	BOOL	false	Exibe a versão e encerra.