bactopia-merge-schemas
Constrói um Nextflow Schema e/ou Nextflow config para um fluxo de trabalho específico.
Uso
bactopia-merge-schemas UNKNOWN [OPTIONS]
Argumentos
| Argumento | Tipo | Obrigatório | Descrição |
|---|---|---|---|
UNKNOWN | UNPROCESSED | Não |
Opções Obrigatórias
| Opção | Tipo | Padrão | Descrição |
|---|---|---|---|
--bactopia-path | STRING | Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado | |
--wf | STRING | O fluxo de trabalho para o qual criar um nextflow_schema.json |
Opções de Saída
| Opção | Tipo | Padrão | Descrição |
|---|---|---|---|
--outdir | PATH | . | Diretório para gravação dos arquivos de saída |
--force | BOOL | false | Sobrescrever arquivos de saída existentes |
Opções Adicionais
| Opção | Tipo | Padrão | Descrição |
|---|---|---|---|
--verbose | BOOL | false | Exibir texto relacionado a depuração |
--silent | BOOL | false | Apenas erros críticos serão exibidos |
--version, -V | BOOL | false | Exibir a versão e sair. |