bactopia-mask-consensus
Consenso Snippy (subs) com mascaramento de cobertura.
Uso
bactopia-mask-consensus SAMPLE REFERENCE FASTA VCF COVERAGE [OPTIONS]
Argumentos
| Argumento | Tipo | Obrigatório | Descrição |
|---|---|---|---|
SAMPLE | STRING | Sim | Nome da amostra de entrada. |
REFERENCE | STRING | Sim | O número de acesso da montagem de referência. |
FASTA | STRING | Sim | O arquivo FASTA de consenso. |
VCF | STRING | Sim | O arquivo VCF com as substituições chamadas. |
COVERAGE | STRING | Sim | O arquivo de cobertura por base. |
Opções
| Opção | Tipo | Padrão | Descrição |
|---|---|---|---|
--version, -V | BOOL | false | Exibe a versão e encerra. |
--mincov | INT | 10 | Cobertura mínima necessária para não mascarar. |