Verifica os componentes do pipeline Bactopia em relação às diretrizes de estilo.
Verifica módulos, subworkflows e workflows quanto à conformidade com os padrões de GroovyDoc, estruturais e de configuração do Bactopia.
Uso
Opções Obrigatórias
| Opção | Tipo | Padrão | Descrição |
|---|
--bactopia-path | STRING | | Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado |
Opções de Escopo
| Opção | Tipo | Padrão | Descrição |
|---|
--modules, --no-modules | BOOL | true | Verificar módulos (padrão: ativado) |
--subworkflows, --no-subworkflows | BOOL | true | Verificar subworkflows (padrão: ativado) |
--workflows, --no-workflows | BOOL | true | Verificar workflows (padrão: ativado) |
--module | STRING | | Verificar um único módulo pelo nome (ex.: 'mlst', 'bakta/run') |
--subworkflow | STRING | | Verificar um único subworkflow pelo nome (ex.: 'mlst') |
--workflow | STRING | | Verificar um único workflow pelo nome (ex.: 'mlst', 'bactopia-tools/mlst') |
Opções de Saída
| Opção | Tipo | Padrão | Descrição |
|---|
-q, --quiet | BOOL | false | Exibir apenas componentes com avisos ou falhas |
--json | BOOL | false | Gerar saída em formato JSON |
--pretty | BOOL | false | Formatar a saída JSON de forma legível (implica --json) |
Opções Adicionais
| Opção | Tipo | Padrão | Descrição |
|---|
--verbose | BOOL | false | Exibir texto relacionado a depuração |
--silent | BOOL | false | Apenas erros críticos serão exibidos |
--version, -V | BOOL | false | Exibir a versão e sair. |