bactopia-kraken-bracken-summary
Atualiza as abundâncias do Bracken com contagens não classificadas.
Uso
bactopia-kraken-bracken-summary PREFIX KRAKEN2_REPORT BRACKEN_REPORT BRACKEN_ABUNDANCES [OPTIONS]
Argumentos
| Argumento | Tipo | Obrigatório | Descrição |
|---|---|---|---|
PREFIX | STRING | Sim | Prefixo a ser usado para os arquivos de saída. |
KRAKEN2_REPORT | STRING | Sim | O relatório do Kraken2. |
BRACKEN_REPORT | STRING | Sim | O relatório do Kraken2 atualizado pelo Bracken. |
BRACKEN_ABUNDANCES | STRING | Sim | A saída do Bracken com as abundâncias. |
Opções
| Opção | Tipo | Padrão | Descrição |
|---|---|---|---|
--version, -V | BOOL | false | Exibe a versão e encerra. |
--max_secondary_percent | FLOAT | 0.01 | A porcentagem máxima de abundância para a espécie secundária; se excedida, a amostra permanecerá não classificada. |