bactopia-download

Constrói ambientes Bactopia para uso com Nextflow.

Uso

bactopia-download UNKNOWN [OPTIONS]

Argumentos

Argumento	Tipo	Obrigatório	Descrição
UNKNOWN	UNPROCESSED	Não

Opções Obrigatórias

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--bactopia-path	STRING		Diretório onde o repositório do Bactopia está armazenado

Opções Relacionadas à Construção

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--envtype	CHOICE (conda, docker, singularity, all)	conda	O tipo de ambiente a ser construído
--wf	STRING	bactopia	Constrói um ambiente para o fluxo de trabalho especificado
--build-all	BOOL	false	Constrói todos os ambientes para os fluxos de trabalho do Bactopia
--condadir	STRING	/home/rpetit3/.bactopia/conda	Diretório para criar ambientes Conda (a variável de ambiente NXF_CONDA_CACHEDIR tem precedência)
--use-conda	BOOL	false	Usa Conda para construir ambientes Conda em vez do Mamba
--registry	STRING	quay.io	Registro de onde baixar os containers Docker
--singularity_cache	STRING	/home/rpetit3/.bactopia/singularity	Diretório para baixar imagens Singularity (a variável de ambiente NXF_SINGULARITY_CACHEDIR tem precedência)
--singularity_pull_docker_container	BOOL	false	Força a conversão de containers Docker, em vez de baixar imagens Singularity diretamente
--force_rebuild	BOOL	false	Força a substituição de ambientes pré-construídos existentes
--max_retry	INT	3	Número máximo de tentativas para criar o ambiente Conda. (Padrão: 3)

Opções Adicionais

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--dry-run	BOOL	false	Exibe os ambientes que seriam construídos, sem construí-los
--verbose	BOOL	false	Imprime texto relacionado à depuração
--silent	BOOL	false	Apenas erros críticos serão exibidos
--version, -V	BOOL	false	Exibe a versão e encerra.