bactopia-docs

Valida a desatualização de documentos de referência em um repositório Bactopia.

Duas verificações são executadas em cada arquivo .md sob [b]--docs-path[/b]:

[b]Padrões obsoletos (D0xx)[/b]: correspondências de regex com entradas de [b]--patterns-file[/b] — frases removidas por migrações anteriores (ex.: flattenPaths, o formato de emissão de 4 canais).

[b]Asserções de verdade absoluta (D1xx)[/b]: contagens (D101-D103), versão do Nextflow (D104), referências de CLI do bactopia-py (D105), IDs de regras de lint (D106), alvos de links markdown (D108).

Suprima uma regra em uma única linha com <!-- bactopia-docs: ignore D0xx --> (ou uma lista separada por vírgulas).

Encerra com 1 se alguma falha (FAIL) for encontrada.

Uso

bactopia-docs [OPTIONS]

Opções Obrigatórias

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--bactopia-path, -b	STRING		Diretório onde o repositório Bactopia está armazenado

Opções de Validação

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--docs-path	STRING	.claude/docs	Diretório de documentação relativo a --bactopia-path
--patterns-file	STRING	data/docs-patterns.yml	YAML de padrões obsoletos relativo a --bactopia-path
--bactopia-py-path	PATH		Caminho para o repositório bactopia-py (para verificações de CLI D105 / regras de lint D106). Padrão: <bactopia-path>/../bactopia-py
--skip-path-check	BOOL	false	Ignorar a resolução de alvos de links markdown D108
--validate	BOOL	false	Executar validação (ação padrão; flag aceita para paridade com bactopia-citations)

Opções de Saída

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--json	BOOL	false	Emitir resultados como JSON
--plain-text, -p	BOOL	false	Desativar formatação rica

Opções Adicionais

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--verbose	BOOL	false	Imprimir texto relacionado a depuração
--silent	BOOL	false	Apenas erros críticos serão exibidos
--version, -V	BOOL	false	Exibir a versão e sair.