bactopia-check-fastqs

Verificar se os FASTQs de entrada atendem aos requisitos mínimos.

Uso

bactopia-check-fastqs [OPTIONS]

Opções

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--version, -V	BOOL	false	Exibe a versão e encerra.
--sample	STRING		Nome da amostra de entrada.
--fq1	STRING		Estatísticas para FASTQ SE ou R1 em formato JSON.
--fq2	STRING		Estatísticas para FASTQ R2 em formato JSON.
--min_proportion	FLOAT	0.0	Proporção mínima de pares de bases para R1/R2.
--min_reads	INT	0	Número mínimo de reads.
--min_basepairs	INT	0	Número mínimo de pares de bases sequenciados.
--runtype	STRING	illumina	A tecnologia de entrada dos FASTQs.