bactopia-atb-formatter

Reestruture montagens do All-the-Bacteria para permitir o uso com Bactopia Tools

Uso

bactopia-atb-formatter [OPTIONS]

Opções Obrigatórias

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--path, -p	STRING		Diretório onde as montagens do ATB estão armazenadas

Opções de Estrutura de Diretório do Bactopia

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--bactopia-dir, -b	STRING	bactopia	O caminho onde você deseja criar a estrutura do Bactopia
--publish-mode, -m	CHOICE (symlink, copy)	symlink	Especifica como as montagens serão salvas no diretório do Bactopia
--recursive, -r	BOOL	false	Percorre recursivamente o caminho fornecido
--extension, -e	STRING	.fa	A extensão dos arquivos FASTA

Opções Adicionais

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--verbose	BOOL	false	Imprime texto relacionado a depuração
--silent	BOOL	false	Apenas erros críticos serão impressos
--version, -V	BOOL	false	Exibe a versão e encerra.