bactopia-atb-downloader

Baixe montagens do All-the-Bacteria com base em uma consulta de entrada

Uso

bactopia-atb-downloader [OPTIONS]

Opções Obrigatórias

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--query, -q	STRING		O nome da espécie, taxid ou acesso para consultar e baixar

Opções de Download do ATB

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--outdir, -o	STRING	./atb-assemblies	Diretório para baixar as montagens do ATB
--atb-file-list-url, -a	STRING	https://osf.io/download/4yv85/	A URL para a lista de arquivos do ATB
--dry-run, -d	BOOL	false	Não baixa nenhum arquivo, apenas mostra o que seria baixado
--progress, -p	BOOL	false	Exibe a barra de progresso do download
--cpus	INT	4	O número total de CPUs a usar para download e compressão
--uncompressed, -u	BOOL	false	Não comprime os arquivos baixados
--remove-archives, -r	BOOL	false	Remove os arquivos tar.xz baixados após a extração das amostras

Opções da API do NCBI

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--ncbi-api-key, -k	STRING		A chave de API a ser usada para a API do NCBI
--chunk-size, -c	INT	200	O tamanho dos blocos para dividir a lista

Opções Adicionais

Opção	Tipo	Padrão	Descrição
--force	BOOL	false	Sobrescreve arquivos existentes
--verbose	BOOL	false	Imprime texto relacionado a depuração
--silent	BOOL	false	Apenas erros críticos serão exibidos
--version, -V	BOOL	false	Exibe a versão e encerra.