CLI Reference

Referência de linha de comando para todos os comandos CLI do bactopia-py (v2.2.0).

Comandos para Usuários e Desenvolvedores

Comandos para preparar entradas, consultar bancos de dados e desenvolver componentes do Bactopia.

Comando	Descrição
bactopia-atb-downloader	Baixa montagens do All-the-Bacteria com base em uma consulta de entrada
bactopia-atb-formatter	Reestrutura montagens do All-the-Bacteria para permitir o uso com Bactopia Tools
bactopia-catalog	Gera um catálogo legível por máquina de todos os componentes do Bactopia.
bactopia-citations	Exibe ou valida as citações usadas ao longo do Bactopia.
bactopia-datasets	Baixa conjuntos de dados opcionais para complementar suas análises com o Bactopia
bactopia-docs	Valida a desatualização de documentação de referência em um repositório Bactopia.
bactopia-download	Constrói ambientes Bactopia para uso com Nextflow.
bactopia-lint	Verifica componentes do pipeline Bactopia em relação às diretrizes de estilo.
bactopia-merge-schemas	Constrói um Nextflow Schema e/ou uma configuração Nextflow para um fluxo de trabalho específico.
bactopia-prepare	Cria um 'file of filenames' (FOFN) de amostras a serem processadas pelo Bactopia
bactopia-prune	Remove ambientes Bactopia desatualizados que não correspondem mais às versões atuais dos módulos.
bactopia-pubmlst-build	Constrói bancos de dados PubMLST para uso com a Bactopia Tool 'mlst'.
bactopia-pubmlst-setup	Configuração única para interação com a API do PubMLST
bactopia-review-tests	Revisa resultados do nf-test com análise de erros agrupados e verificações de tempo.
bactopia-scaffold	Cria scaffolds de componentes Bactopia a partir de pacotes bioconda/conda-forge.
bactopia-search	Consulta o ENA e o SRA em busca de acessos públicos para processar com o Bactopia
bactopia-status	Exibe um instantâneo do estado do projeto Bactopia.
bactopia-summary	Gera uma tabela de resumo a partir dos resultados do Bactopia.
bactopia-sysinfo	Detecta automaticamente a RAM e as CPUs do host, emitindo fragmentos CLI do Nextflow para perfis locais.
bactopia-test	Executa suites nf-test para componentes do Bactopia.
bactopia-update	Verifica se os módulos usados pelas Bactopia Tools possuem versões mais recentes disponíveis
bactopia-workflows	Exibe o caminho para o arquivo main.nf de um fluxo de trabalho Bactopia.

Scripts Utilitários do Pipeline

Scripts internos chamados pelos módulos Nextflow durante a execução do pipeline.

Comando	Descrição
bactopia-bracken-to-excel	Escreve as abundâncias do Bracken em um arquivo Excel.
bactopia-check-assembly-accession	Verifica se o acesso de montagem do NCBI Assembly é o mais recente e ainda está disponível.
bactopia-check-fastqs	Verifica se os FASTQs de entrada atendem aos requisitos mínimos.
bactopia-cleanup-coverage	Reduz a redundância na cobertura por base a partir da saída do genomeCoverageBed.
bactopia-kraken-bracken-summary	Atualiza as abundâncias do Bracken com contagens não classificadas.
bactopia-mask-consensus	Consenso do Snippy (subs) com mascaramento de cobertura.
bactopia-scrubber-summary	Cria um relatório antes-e-depois a partir da remoção de reads humanos.
bactopia-teton-prepare	Prepara planilhas de amostras para análise downstream no fluxo de trabalho Teton.