AI Skills
Estas 12 skills automatizam tarefas comuns de desenvolvimento do Bactopia por meio de
ferramentas de codificação assistidas por IA. Cada skill encapsula um ou mais comandos
da CLI bactopia-py com orientação interativa, guardrails e
orquestração em múltiplas etapas. As skills ficam no repositório do Bactopia em
.claude/skills/ e são invocadas com /skill-name.
Visão Geral
| Skill | Categoria | Descrição |
|---|---|---|
/add-bactopia-tool | Scaffolding | Cria a estrutura completa de um Bactopia Tool nos três níveis -- módulo, subworkflow e workflow. |
/add-module | Scaffolding | Cria a estrutura de um novo módulo Bactopia a partir de um pacote bioconda/conda-forge. |
/add-subworkflow | Scaffolding | Cria a estrutura de um novo subworkflow Bactopia que orquestra módulos existentes. |
/merge-schemas | Manutenção | Regenera o nextflow.config e o nextflow_schema.json para workflows do Bactopia. |
/update-catalog | Manutenção | Regenera o catalog.json e o llms.txt. |
/update-module | Manutenção | Verifica versões mais recentes das ferramentas usadas nos módulos do Bactopia e aplica atualizações. |
/review-groovydoc | Revisão & Qualidade | Revisa a precisão do GroovyDoc em módulos e subworkflows. |
/review-citations | Revisão & Qualidade | Revisa a integridade das citações em data/citations.yml e nas tags @citation. |
/review-docs | Revisão & Qualidade | Verifica a desatualização dos documentos de referência em .claude/docs/. |
/review-tests | Revisão & Qualidade | Revisa os resultados de execução do nf-test com análise agrupada de erros. |
/run-tests | Testes | Executa os nf-tests do Bactopia e produz um diretório de logs com timestamp. |
/project-status | Projeto | Exibe um snapshot em tempo real do estado do projeto, cobertura e problemas estruturais. |
Scaffolding
Skills que criam novos componentes do Bactopia a partir de pacotes bioconda/conda-forge.
/add-bactopia-tool
Cria a estrutura completa de um Bactopia Tool pipeline a partir de um pacote bioconda/conda-forge, gerando os três níveis (módulo, subworkflow, workflow) de uma só vez.
Encapsula: bactopia-scaffold
Quando usar:
- Adicionar uma nova ferramenta de análise ao Bactopia Tools a partir de um pacote bioconda
- Criar os três níveis (módulo, subworkflow, workflow) de uma só vez
- Prefira esta skill em vez de
/add-moduleou/add-subworkflowquando o objetivo é uma ferramenta completa
Exemplos:
/add-bactopia-tool fastp
/add-bactopia-tool checkm2
Skills relacionadas: /add-module, /add-subworkflow,
/run-tests, /update-catalog
/add-module
Cria a estrutura completa de um módulo Bactopia para um pacote bioconda/conda-forge, gerando todos os arquivos necessários com documentação GroovyDoc e testes nf-test.
Encapsula: bactopia-scaffold
Quando usar:
- Adicionar um novo módulo sem o scaffolding completo do bactopia-tool
- Criar arquivos de módulo (main.nf, module.config, schema.json, testes)
- Criar apenas a camada de processo para uma ferramenta
Exemplos:
/add-module snippy
/add-module fastqc
Skills relacionadas: /add-bactopia-tool, /add-subworkflow
/add-subworkflow
Cria a estrutura de um subworkflow Bactopia que orquestra um ou mais módulos existentes. Os subworkflows conectam módulos entre si, agregam resultados e fornecem uma interface limpa para os workflows.
Encapsula: bactopia-scaffold
Quando usar:
- Criar um subworkflow para orquestrar módulos existentes
- Conectar módulos em uma unidade de análise reutilizável
- Adicionar a camada de integração entre módulos e workflows
Exemplos:
/add-subworkflow snippy
/add-subworkflow amrfinderplus
Skills relacionadas: /add-bactopia-tool, /add-module
Manutenção
Skills que mantêm os componentes existentes atualizados.
/merge-schemas
Regenera os arquivos nextflow.config e nextflow_schema.json para um ou mais
workflows do Bactopia. Descobre automaticamente o diretório de saída de cada workflow
a partir do catalog.json, dispensando o cálculo manual de caminhos.
Encapsula: bactopia-merge-schemas
Quando usar:
- Sincronizar configurações de workflow após alterações no schema de módulos
- Reconstruir o nextflow_schema.json para um workflow específico
- Regenerar configurações após adicionar ou modificar parâmetros
Exemplos:
/merge-schemas teton
/merge-schemas teton and staphopia
/merge-schemas all tools
Skills relacionadas: /update-module, /update-catalog
/update-catalog
Regenera o índice de componentes do Bactopia legível por máquina (catalog.json) e
a superfície de descoberta por IA (llms.txt).
Encapsula: bactopia-catalog
Quando usar:
- Sincronizar o catalog.json após adicionar ou remover componentes
- Atualizar o llms.txt após edições no GroovyDoc que afetam as descrições
- Atualizar o índice de componentes após mudanças de versão de ferramentas
Exemplos:
/update-catalog
Skills relacionadas: /project-status, /merge-schemas
/update-module
Verifica versões mais recentes das ferramentas bioconda usadas nos módulos do Bactopia e aplica atualizações nos arquivos module.config.
Encapsula: bactopia-update
Quando usar:
- Verificar se algum módulo possui versões desatualizadas de ferramentas
- Atualizar versões de contêineres para a versão mais recente do bioconda
- Atualizar a versão de uma ferramenta em um módulo específico
Exemplos:
/update-module
/update-module snippy
Skills relacionadas: /merge-schemas, /project-status
Revisão & Qualidade
Skills que auditam documentação, citações e qualidade do código.
/review-groovydoc
Executa o bactopia-lint focado nas regras de precisão do GroovyDoc. Verifica a correspondência dos campos @output/@input, as listas @modules/@subworkflows, as chaves de citação, a ordem das tags e a formatação.
Encapsula: bactopia-lint
Quando usar:
- Validar a precisão da documentação em módulos e subworkflows
- Verificar se os campos @output/@input correspondem às declarações reais de canais
- Auditar o GroovyDoc após editar documentação de módulo ou subworkflow
Exemplos:
/review-groovydoc
/review-groovydoc snippy
Skills relacionadas: /review-citations, /review-docs
/review-citations
Executa bactopia-citations --validate e apresenta o relatório de integridade.
Detecta chaves de citação órfãs (definidas mas nunca referenciadas) e chaves
@citation de workflow que não resolvem para uma entrada em citations.yml.
Encapsula: bactopia-citations
Quando usar:
- Auditar o citations.yml em busca de entradas órfãs ou ausentes
- Validar que as tags @citation dos workflows resolvem corretamente
- Remover citações não utilizadas após remover ferramentas
Exemplos:
/review-citations
Skills relacionadas: /review-groovydoc, /review-docs
/review-docs
Executa bactopia-docs --validate e apresenta o relatório de desatualização.
Detecta padrões obsoletos e violações de verdade fundamental (contagens desatualizadas,
versão incorreta do Nextflow, referências a comandos inexistentes ou IDs de regras
de lint inválidos).
Encapsula: bactopia-docs
Quando usar:
- Verificar documentação de referência por informações desatualizadas após migrações
- Confirmar que as afirmações da documentação correspondem ao estado atual do repositório
- Verificar .claude/docs em busca de divergências após adicionar ou remover componentes
Exemplos:
/review-docs
Skills relacionadas: /review-groovydoc, /review-citations,
/project-status
/review-tests
Revisa os resultados de execução do nf-test e apresenta um resumo diagnóstico com análise agrupada de erros.
Encapsula: bactopia-review-tests
Quando usar:
- Analisar a saída dos testes após executar
/run-tests - Investigar por que os testes falharam com resumos agrupados de erros
- Revisar uma execução específica de testes pelo timestamp
Exemplos:
/review-tests
/review-tests 20260324_081306
Skills relacionadas: /run-tests
Testes
/run-tests
Executa a suíte de nf-tests do Bactopia via bactopia-test para um componente
específico e produz um diretório logs/ com timestamp que o /review-tests pode
interpretar.
Encapsula: bactopia-test
Quando usar:
- Executar testes para um módulo, subworkflow ou workflow específico
- Validar alterações antes de fazer commit
- Gerar snapshots de testes para componentes recém-criados
Exemplos:
/run-tests snippy
/run-tests abricate module
/run-tests amrfinderplus subworkflow
Skills relacionadas: /review-tests
Projeto
/project-status
Exibe um snapshot em tempo real do estado do projeto Bactopia -- contagem de componentes, cobertura do GroovyDoc, cobertura do nf-test e problemas estruturais.
Encapsula: bactopia-status
Quando usar:
- Verificar o estado geral do projeto e as métricas de cobertura
- Encontrar componentes sem documentação ou testes
- Obter um resumo rápido do que precisa de atenção
Exemplos:
/project-status
Skills relacionadas: /update-catalog, /run-tests