67 documentos marcados com "bactopia-tool"

Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência.

Uma ferramenta acreditada pela NATA para reportar a presença de genes de resistência antimicrobiana.

Identificação rápida do tipo de locus agr de Staphylococcus aureus e variantes do operon agr.

Bactopia Tool: Amrfinderplus.

Identificação de genes por meio de montagens locais.

Anotação rápida de genomas bacterianos e plasmídeos.

Pesquise em bancos de dados nucleotídicos do BLAST usando consultas nucleotídicas.

Pesquise em bancos de dados de proteínas BLAST usando consultas de proteínas.

Pesquise em bancos de dados de proteínas BLAST usando consultas de nucleotídeos traduzidos.

Estimar a abundância taxonômica de amostras metagenômicas.

Classificação taxonômica de isolados do grupo Bacillus cereus.

Avaliação da completude da montagem genômica usando expectativas informadas por evolução.

Avaliação da qualidade da montagem de genomas microbianos.

Avaliação baseada em aprendizado de máquina da qualidade de montagem de genomas microbianos.

Filotipagem in silico do gênero Escherichia.

Identificação sistemática de sistemas de defesa anti-fago.

Predição in silico do sorotipo de Escherichia coli.

Anotação funcional de proteínas usando grupos ortólogos e filogenias.

emm-typing de montagens de Streptococcus pyogenes.

Cálculo rápido e sem alinhamento da Identidade Nucleotídica Média em escala genômica.

Identificação, classificação e anotação de correspondências de genes traduzidos.

Genotipagem de Salmonella Typhi com atribuição de linhagem.

Execute todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem

Identifique genes marcadores e atribua classificações taxonômicas usando GTDB.

Identificar o sorotipo e a estrutura do locus cap em montagens de Haemophilus influenzae.

Predição de sorotipo de montagens de Haemophilus parasuis.

Identificar posições de sequências de inserção em genomas bacterianos.

Triagem abrangente de genomas de Klebsiella para determinantes de virulência e resistência.

Classificação taxonômica de reads de sequências metagenômicas.

Tipagem Baseada em Sequência (SBT) de Legionella pneumophila.

Predição de sorogrupo para Listeria monocytogenes.

Calcule distâncias Mash entre sequências e genomas de referência.

Construção rápida de árvores filogenéticas usando distâncias Mash.

Análise de variação de sequência de genes mcr-1 (resistência à colistina mobilizada).

Tipagem abrangente de Neisseria meningitidis.

Seleção e execução de ferramentas espécie-específicas assistida por MinMER.

Estime a abundância de espécies a partir de amostras metagenômicas.

Chamada automática de Multi-Locus tipo de sequencia (MLST) a partir de contigs montados.

Reconstrução e anotação de plasmídeos a partir de montagens de genomas bacterianos.

Detecção de resistência antimicrobiana para espécies bacterianas específicas.

Tipagem por sequência multi-antígeno de Neisseria gonorrhoeae.

Análise de pan-genoma com filogenia do genoma-core opcional.

Sorogrupamento in silico de isolados de Pseudomonas aeruginosa.

Tipagem da Proteína de Ligação à Penicilina (PBP) para Streptococcus pneumoniae.

Predição de profagos em genomas bacterianos e arqueais.

Bactopia Tool: Plasmidfinder.

Atribuição de tipo capsular a Streptococcus pneumoniae a partir de reads de sequência.

Anotação rápida de genomas completos de bactérias, arqueias e vírus.

Avaliação de qualidade de contigs montados usando QUAST.

Previsão de genes de resistência a antibióticos usando RGI.

Tipagem de cassetes SCCmec em montagens de Staphylococcus aureus.

Remoção de sequências humanas e contaminantes de reads metagenômicos.

Predição de sorotipo de Salmonella a partir de reads de sequenciamento ou montagens.

Sorotipagem de Streptococcus pneumoniae a partir de reads pareados Illumina.

Predição de sorotipos de Shigella e diferenciação de EIEC.

Determinação rápida de sorotipos de Shigella a partir de reads de sequenciamento.

Predição in silico de sorotipo para Shigella e E. coli enteroinvasiva (EIEC).

Predição de sorotipo de Salmonella enterica a partir de montagens.

Chamada rápida de variantes de haplótipos e alinhamento do genoma central.

Tipagem spa de montagens de Staphylococcus aureus.

Predição de sorotipo de montagens de Streptococcus suis.

Tipagem abrangente de genomas de Staphylococcus aureus.

Identificação de sorotipo de E. coli produtora de toxina Shiga.

Perfil taxonômico por MinHash corrigido por abundância.

Pesquise em bancos de dados de nucleotídeos traduzidos usando consultas de proteínas.

Pesquisa em bancos de dados de nucleotídeos traduzidos usando consultas de nucleotídeos traduzidos.

Detecção de resistência antimicrobiana e tipagem de linhagem de Mycobacterium tuberculosis.