stecfinder

Tags: stec serotype e-coli shiga-toxin bactopia-tool

Identificação de sorotipo de E. coli produtora de toxina Shiga.

Esta Bactopia Tool utiliza o STECFinder para identificar o sorotipo de E. coli produtora de toxina Shiga (STEC) a partir de dados de sequenciamento. O STECFinder determina o sorotipo, bem como os antígenos O e H.

Uso

Bactopia CLI:

bactopia --wf stecfinder \
  --bactopia /path/to/your/bactopia/results

Nextflow:

nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/stecfinder/main.nf \
  --bactopia /path/to/your/bactopia/results

Saídas

Arquivos de Saída Esperados

<BACTOPIA_DIR>
├── <SAMPLE_NAME>
│   └── tools
│       └── stecfinder-<TIMESTAMP>
│           ├── <SAMPLE_NAME>.tsv
│           └── logs
│               ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│               └── versions.yml
├── <SAMPLE_NAME>SE
│   └── tools
│       └── stecfinder-<TIMESTAMP>
│           ├── <SAMPLE_NAME>SE.tsv
│           └── logs
│               ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│               └── versions.yml
├── SRR13039589
│   └── tools
│       └── stecfinder-<TIMESTAMP>
│           ├── SRR13039589.tsv
│           └── logs
│               ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│               └── versions.yml
└── bactopia-runs
    └── stecfinder-<TIMESTAMP>
        ├── merged-results
        │   ├── logs
        │   │   └── stecfinder-concat
        │   │       ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
        │   │       └── versions.yml
        │   └── stecfinder.tsv
        └── nf-reports
            ├── stecfinder-dag.dot
            ├── stecfinder-report.html
            └── stecfinder-timeline.html

Resultados por Amostra

Arquivo	Descrição
*.txt	Resultados da identificação de sorotipo

Resultados Consolidados

Arquivo	Descrição
stecfinder.tsv	Arquivo TSV consolidado com os resultados do STECFinder de todas as amostras

Trilha de Auditoria

Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados.

Logs

Cada processo executado terá uma pasta chamada logs. Nessa pasta há arquivos úteis para revisão, caso necessário.

Extensão	Descrição
.begin	Arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado
.err	Contém as saídas STDERR do processo
.log	Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo
.out	Contém as saídas STDOUT do processo
.run	O script que o Nextflow usa para preparar/desfazer arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido
.sh	O script executado pelo bash para o processo
.trace	O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo
versions.yml	Arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Relatórios do Nextflow

Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem.

Arquivo	Descrição
stecfinder-dag.dot	A visualização DAG do Nextflow
stecfinder-report.html	O Relatório de Execução do Nextflow
stecfinder-timeline.html	O Relatório de Linha do Tempo do Nextflow
stecfinder-trace.txt	O relatório de Rastreamento do Nextflow

Parâmetros

Parâmetros Obrigatórios

Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--bactopia	string		O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas

Parâmetros do STECFinder

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--stecfinder_use_reads	boolean	false	Reads Illumina paired-end serão usados em vez de montagens
--stecfinder_hits	boolean	false	Exibe resultados detalhados da busca de genes
--stecfinder_cutoff	number	10.0	Cobertura mínima de reads para que um gene seja identificado
--stecfinder_length	number	50.0	Porcentagem do comprimento do gene necessária para uma chamada positiva
--stecfinder_ipah_length	number	10.0	Porcentagem do comprimento do gene ipaH necessária para uma chamada de gene positiva
--stecfinder_ipah_depth	number	1.0	Profundidade mínima para uma chamada positiva do gene ipaH (requer --stecfinder_use_reads)
--stecfinder_stx_length	number	10.0	Porcentagem do comprimento do gene stx necessária para uma chamada de gene positiva
--stecfinder_stx_depth	number	1.0	Profundidade mínima para uma chamada positiva do gene stx (requer --stecfinder_use_reads)
--stecfinder_o_length	number	60.0	Porcentagem do comprimento do gene wz_ necessária para uma chamada positiva
--stecfinder_o_depth	number	1.0	Profundidade mínima para uma chamada positiva do gene qz_ (requer --stecfinder_use_reads)
--stecfinder_h_length	number	60.0	Porcentagem do comprimento do gene fliC necessária para uma chamada positiva
--stecfinder_h_depth	number	1.0	Profundidade mínima para uma chamada positiva do gene fliC (requer --stecfinder_use_reads)

Parâmetros do csvtk concat

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--csvtk_concat_opts	string		Opções extras do csvtk concat entre aspas

Parâmetros de Filtragem

Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--include	string		Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise
--exclude	string		Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise

Parâmetros Opcionais

Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--outdir	string	bactopia	Diretório base para gravar os resultados
--skip_compression	boolean	false	Os arquivos de saída não serão comprimidos
--datasets	string		O caminho para armazenar datasets em cache
--keep_all_files	boolean	false	Mantém todos os arquivos de análise criados

Parâmetros de Limite Máximo de Jobs

Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--max_retry	integer	3	Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe.
--max_cpus	integer	4	Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual.
--max_memory	string	128.GB	Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual.
--max_time	string	240.h	Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual.
--max_downloads	integer	3	Número máximo de amostras para download simultâneo

Parâmetros de Configuração do Nextflow

Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--nfconfig	string		Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido.
--publish_dir_mode	string	copy	Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: symlink, rellink, link, copy, copyNoFollow, move)
--infodir	string	${params.outdir}/pipeline_info	Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline.
--force	boolean	false	O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes.
--cleanup_workdir	boolean	false	Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório work será excluído.

Opções de configuração institucional

Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--custom_config_version	string	master	ID do commit Git para configurações institucionais.
--custom_config_base	string	https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master	Diretório base para configurações institucionais.
--config_profile_name	string		Nome do perfil de configuração institucional.
--config_profile_description	string		Descrição do perfil de configuração institucional.
--config_profile_contact	string		Informações de contato do perfil de configuração institucional.
--config_profile_url	string		URL do perfil de configuração institucional.

Parâmetros de Perfil do Nextflow

Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--condadir	string		Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda
--registry	string	quay.io	Registro de onde baixar os contêineres Docker.
--datasets_cache	string	<HOME>/.bactopia/datasets	Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados.
--singularity_cache	string		Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas.
--singularity_pull_docker_container	boolean		Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker.
--force_rebuild	boolean	false	Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes.
--queue	string	general,high-memory	Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM)
--cluster_opts	string		Opções adicionais a serem passadas ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name'
--container_opts	string		Opções adicionais a serem passadas ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D pwd'
--disable_scratch	boolean	false	Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal.

Parâmetros Úteis

Parâmetros raramente usados que podem ser úteis.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--monochrome_logs	boolean		Não usar saídas de log coloridas.
--nfdir	boolean		Imprime o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia
--sleep_time	integer	5	O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução.
--validate_params	boolean	true	Booleano que indica se os parâmetros devem ser validados contra o esquema em tempo de execução
--help	boolean		Exibe o texto de ajuda.
--wf	string	bactopia	Especifica qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar
--list_wfs	boolean		Lista os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf'
--show_hidden_params	boolean		Mostra todos os parâmetros ao usar --help
--help_all	boolean		Um alias para --help --show_hidden_params
--version	boolean		Exibe o texto da versão.

Composição

Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows:

• stecfinder - Identifica e determina o sorotipo de E. coli produtora de toxina Shiga (STEC) a partir de montagens.

Citações

Se você usar este fluxo de trabalho em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• STECFinder
  Zhang X, Payne M, Kaur S, and Lan R Improved Genomic Identification, Clustering, and Serotyping of Shiga Toxin-Producing Escherichia coli Using Cluster/Serotype-Specific Gene Markers. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 11, 772574. (2021)

Fonte

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