seroba

Tags: serotyping streptococcus-pneumoniae capsule cps-locus vaccine bactopia-tool

Sorotipagem de Streptococcus pneumoniae a partir de reads pareados Illumina.

Esta ferramenta Bactopia utiliza o Seroba para predizer o sorotipo de amostras de Streptococcus pneumoniae a partir de reads de sequenciamento brutos. O Seroba emprega uma abordagem baseada em k-mers para identificar e tipar cápsulas pneumocócicas, determinando tanto o sorotipo quanto o sorogrupo com base na presença de sequências específicas do locus de síntese de polissacarídeos capsulares (cps). A ferramenta é especificamente desenvolvida para reads pareados Illumina e fornece predições de sorotipo precisas, essenciais para vigilância epidemiológica e estudos de desenvolvimento de vacinas.

Uso

Bactopia CLI:

bactopia --wf seroba \
  --bactopia /path/to/your/bactopia/results

Nextflow:

nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/seroba/main.nf \
  --bactopia /path/to/your/bactopia/results

Saídas

Arquivos de Saída Esperados

<BACTOPIA_DIR>
├── <SAMPLE_NAME>
│   └── tools
│       └── seroba-<TIMESTAMP>
│           ├── <SAMPLE_NAME>.tsv
│           └── logs
│               ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│               └── versions.yml
└── bactopia-runs
    └── seroba-<TIMESTAMP>
        ├── merged-results
        │   ├── logs
        │   │   └── seroba-concat
        │   │       ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
        │   │       └── versions.yml
        │   └── seroba.tsv
        └── nf-reports
            ├── seroba-dag.dot
            ├── seroba-report.html
            └── seroba-timeline.html

Resultados por Amostra

Arquivo	Descrição
*.tsv	Arquivo delimitado por tabulação contendo o sorotipo predito para cada amostra
*detailed_serogroup_info.txt	Informações detalhadas sobre a predição do sorotipo e cobertura

Resultados Consolidados

Arquivo	Descrição
seroba.tsv	Arquivo TSV consolidado contendo as predições de sorotipo de todas as amostras

Trilha de Auditoria

Abaixo estão os arquivos que podem ajudá-lo a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados.

Logs

Cada processo executado terá uma pasta chamada logs. Nesta pasta estão arquivos úteis para revisão caso necessário.

Extensão	Descrição
.begin	Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado
.err	Contém as saídas STDERR do processo
.log	Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo
.out	Contém as saídas STDOUT do processo
.run	O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil definido
.sh	O script executado pelo bash para o processo
.trace	O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo
versions.yml	Um arquivo formatado em YAML com as versões dos programas

Relatórios do Nextflow

Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem.

Arquivo	Descrição
seroba-dag.dot	A visualização DAG do Nextflow
seroba-report.html	O Relatório de Execução do Nextflow
seroba-timeline.html	O Relatório de Linha do Tempo do Nextflow
seroba-trace.txt	O relatório de Rastreamento do Nextflow

Parâmetros

Parâmetros Obrigatórios

Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--bactopia	string		O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entrada

Parâmetros do SeroBA

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--seroba_noclean	boolean	false	Não remove os arquivos intermediários
--seroba_coverage	integer	20	Limiar para cobertura de k-mers da sequência de referência

Parâmetros do csvtk concat

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--csvtk_concat_opts	string		Opções extras do csvtk concat entre aspas

Parâmetros de Filtragem

Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--include	string		Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise
--exclude	string		Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise

Parâmetros Opcionais

Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--outdir	string	bactopia	Diretório base para salvar os resultados
--skip_compression	boolean	false	Os arquivos de saída não serão comprimidos
--datasets	string		O caminho para armazenar datasets em cache
--keep_all_files	boolean	false	Mantém todos os arquivos de análise criados

Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs

Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--max_retry	integer	3	Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe.
--max_cpus	integer	4	Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual.
--max_memory	string	128.GB	Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual.
--max_time	string	240.h	Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual.
--max_downloads	integer	3	Número máximo de amostras para baixar simultaneamente

Parâmetros de Configuração do Nextflow

Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--nfconfig	string		Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido.
--publish_dir_mode	string	copy	Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: symlink, rellink, link, copy, copyNoFollow, move)
--infodir	string	${params.outdir}/pipeline_info	Diretório para manter logs e relatórios do Nextflow do pipeline.
--force	boolean	false	O Nextflow sobrescreverá os arquivos de saída existentes.
--cleanup_workdir	boolean	false	Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório work será excluído.

Opções de configuração institucional

Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--custom_config_version	string	master	ID de commit Git para configurações institucionais.
--custom_config_base	string	https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master	Diretório base para configurações institucionais.
--config_profile_name	string		Nome do perfil de configuração institucional.
--config_profile_description	string		Descrição do perfil de configuração institucional.
--config_profile_contact	string		Informações de contato do perfil de configuração institucional.
--config_profile_url	string		Link de URL do perfil de configuração institucional.

Parâmetros de Perfil do Nextflow

Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--condadir	string		Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda
--registry	string	quay.io	Registro para baixar containers Docker.
--datasets_cache	string	<HOME>/.bactopia/datasets	Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados.
--singularity_cache	string		Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas.
--singularity_pull_docker_container	boolean		Em vez de baixar diretamente imagens Singularity para uso com Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter containers Docker.
--force_rebuild	boolean	false	Força a substituição de ambientes pré-construídos existentes.
--queue	string	general,high-memory	Nome(s) separado(s) por vírgula da(s) fila(s) a serem usadas por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM)
--cluster_opts	string		Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name'
--container_opts	string		Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D pwd'
--disable_scratch	boolean	false	Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal.

Parâmetros Úteis

Parâmetros pouco usados que podem ser úteis.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--monochrome_logs	boolean		Não usar saídas de log coloridas.
--nfdir	boolean		Exibe o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia
--sleep_time	integer	5	A quantidade de tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução.
--validate_params	boolean	true	Define se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução
--help	boolean		Exibe o texto de ajuda.
--wf	string	bactopia	Especifica qual fluxo de trabalho ou ferramenta Bactopia executar
--list_wfs	boolean		Lista os fluxos de trabalho e ferramentas Bactopia disponíveis para uso com '--wf'
--show_hidden_params	boolean		Mostra todos os parâmetros ao usar --help
--help_all	boolean		Um alias para --help --show_hidden_params
--version	boolean		Exibe o texto da versão.

Composição

Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows:

• seroba - pipeline baseado em k-mers para identificar o sorotipo de Streptococcus pneumoniae.

Citações

Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• csvtk
  Shen, W csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang. (GitHub)

• Seroba
  Epping L, van Tonder AJ, Gladstone RA, The Global Pneumococcal Sequencing Consortium, Bentley SD, Page AJ, Keane JA SeroBA: rapid high-throughput serotyping of Streptococcus pneumoniae from whole genome sequence data. Microbial Genomics, 4(7) (2018)

Fonte

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