merlin

Tags: species-specific automated mash minmer typing bactopia-tool

Seleção e execução de ferramentas espécie-específicas assistida por MinMER.

Esta Bactopia Tool, Merlin, utiliza distâncias MinMER baseadas no sketch do RefSeq para executar automaticamente ferramentas de análise espécie-específicas. O Merlin identifica os genomas de referência mais próximos e executa as ferramentas de tipagem e análise adequadas para cada espécie detectada.

Uso

Bactopia CLI:

bactopia --wf merlin \
  --bactopia /path/to/your/bactopia/results

Nextflow:

nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/merlin/main.nf \
  --bactopia /path/to/your/bactopia/results

Saídas

Arquivos de Saída Esperados

<BACTOPIA_DIR>
├── <SAMPLE_NAME>
│   └── tools
│       ├── clermontyping
│       │   ├── <SAMPLE_NAME>.tsv
│       │   ├── logs
│       │   │   ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│       │   │   └── versions.yml
│       │   └── supplemental
│       │       ├── <SAMPLE_NAME>.blast.xml
│       │       ├── <SAMPLE_NAME>.html
│       │       └── <SAMPLE_NAME>.mash.tsv
│       ├── ectyper
│       │   ├── <SAMPLE_NAME>.blast_alleles.txt
│       │   ├── <SAMPLE_NAME>.tsv
│       │   └── logs
│       │       ├── ectyper.log
│       │       ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│       │       └── versions.yml
│       ├── kleborate
│       │   ├── <SAMPLE_NAME>.tsv
│       │   └── logs
│       │       ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│       │       └── versions.yml
│       ├── merlindist
│       │   └── merlin-<TIMESTAMP>
│       │       ├── <SAMPLE_NAME>-dist.txt
│       │       └── logs
│       │           ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│       │           └── versions.yml
│       ├── shigapass
│       │   ├── <SAMPLE_NAME>.tsv
│       │   ├── logs
│       │   │   ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│       │   │   └── versions.yml
│       │   └── supplemental
│       │       └── ShigaPass_summary.csv
│       ├── shigatyper
│       │   ├── <SAMPLE_NAME>-hits.tsv
│       │   ├── <SAMPLE_NAME>.tsv
│       │   └── logs
│       │       ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│       │       └── versions.yml
│       ├── shigeifinder
│       │   ├── <SAMPLE_NAME>.tsv
│       │   └── logs
│       │       ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│       │       └── versions.yml
│       └── stecfinder
│           ├── <SAMPLE_NAME>.tsv
│           └── logs
│               ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│               └── versions.yml
├── <SAMPLE_NAME>SE
│   └── tools
│       ├── clermontyping
│       │   ├── <SAMPLE_NAME>SE.tsv
│       │   ├── logs
│       │   │   ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│       │   │   └── versions.yml
│       │   └── supplemental
│       │       ├── <SAMPLE_NAME>SE.blast.xml
│       │       ├── <SAMPLE_NAME>SE.html
│       │       └── <SAMPLE_NAME>SE.mash.tsv
│       ├── ectyper
│       │   ├── <SAMPLE_NAME>SE.blast_alleles.txt
│       │   ├── <SAMPLE_NAME>SE.tsv
│       │   └── logs
│       │       ├── ectyper.log
│       │       ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│       │       └── versions.yml
│       ├── kleborate
│       │   ├── <SAMPLE_NAME>SE.tsv
│       │   └── logs
│       │       ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│       │       └── versions.yml
│       ├── merlindist
│       │   └── merlin-<TIMESTAMP>
│       │       ├── <SAMPLE_NAME>SE-dist.txt
│       │       └── logs
│       │           ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│       │           └── versions.yml
│       ├── shigapass
│       │   ├── <SAMPLE_NAME>SE.tsv
│       │   ├── logs
│       │   │   ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│       │   │   └── versions.yml
│       │   └── supplemental
│       │       └── ShigaPass_summary.csv
│       ├── shigatyper
│       │   ├── <SAMPLE_NAME>SE-hits.tsv
│       │   ├── <SAMPLE_NAME>SE.tsv
│       │   └── logs
│       │       ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│       │       └── versions.yml
│       ├── shigeifinder
│       │   ├── <SAMPLE_NAME>SE.tsv
│       │   └── logs
│       │       ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│       │       └── versions.yml
│       └── stecfinder
│           ├── <SAMPLE_NAME>SE.tsv
│           └── logs
│               ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│               └── versions.yml
├── SRR13039589
│   └── tools
│       ├── clermontyping
│       │   ├── SRR13039589.tsv
│       │   ├── logs
│       │   │   ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│       │   │   └── versions.yml
│       │   └── supplemental
│       │       ├── SRR13039589.blast.xml
│       │       ├── SRR13039589.html
│       │       └── SRR13039589.mash.tsv
│       ├── ectyper
│       │   ├── SRR13039589.blast_alleles.txt
│       │   ├── SRR13039589.tsv
│       │   └── logs
│       │       ├── ectyper.log
│       │       ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│       │       └── versions.yml
│       ├── kleborate
│       │   ├── SRR13039589.tsv
│       │   └── logs
│       │       ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│       │       └── versions.yml
│       ├── merlindist
│       │   └── merlin-<TIMESTAMP>
│       │       ├── SRR13039589-dist.txt
│       │       └── logs
│       │           ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│       │           └── versions.yml
│       ├── shigapass
│       │   ├── SRR13039589.tsv
│       │   ├── logs
│       │   │   ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│       │   │   └── versions.yml
│       │   └── supplemental
│       │       └── ShigaPass_summary.csv
│       ├── shigatyper
│       │   ├── SRR13039589-hits.tsv
│       │   ├── SRR13039589.tsv
│       │   └── logs
│       │       ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│       │       └── versions.yml
│       ├── shigeifinder
│       │   ├── SRR13039589.tsv
│       │   └── logs
│       │       ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│       │       └── versions.yml
│       └── stecfinder
│           ├── SRR13039589.tsv
│           └── logs
│               ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│               └── versions.yml
└── bactopia-runs
    └── merlin-<TIMESTAMP>
        ├── merged-results
        │   ├── clermontyping.tsv
        │   ├── ectyper.tsv
        │   ├── kleborate.tsv
        │   ├── logs
        │   │   ├── clermontyping-concat
        │   │   │   ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
        │   │   │   └── versions.yml
        │   │   ├── ectyper-concat
        │   │   │   ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
        │   │   │   └── versions.yml
        │   │   ├── kleborate-concat
        │   │   │   ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
        │   │   │   └── versions.yml
        │   │   ├── shigapass-concat
        │   │   │   ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
        │   │   │   └── versions.yml
        │   │   ├── shigatyper-concat
        │   │   │   ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
        │   │   │   └── versions.yml
        │   │   ├── shigeifinder-concat
        │   │   │   ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
        │   │   │   └── versions.yml
        │   │   └── stecfinder-concat
        │   │       ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
        │   │       └── versions.yml
        │   ├── shigapass.tsv
        │   ├── shigatyper.tsv
        │   ├── shigeifinder.tsv
        │   └── stecfinder.tsv
        └── nf-reports
            ├── merlin-dag.dot
            ├── merlin-report.html
            └── merlin-timeline.html

Análise Espécie-Específica

Nota

As ferramentas executadas dependem da espécie detectada

Arquivo	Descrição
Analysis	resultados de todas as ferramentas espécie-específicas executadas

Resultados Combinados

Arquivo	Descrição
merlin.tsv	Resumo combinado de todas as análises espécie-específicas

Trilha de Auditoria

Abaixo estão os arquivos que podem ajudá-lo a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados.

Logs

Cada processo executado terá uma pasta chamada logs. Nessa pasta estão arquivos úteis para você revisar caso necessário.

Extensão	Descrição
.begin	Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado
.err	Contém as saídas STDERR do processo
.log	Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo
.out	Contém as saídas STDOUT do processo
.run	O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil fornecido
.sh	O script executado pelo bash para o processo
.trace	O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo
versions.yml	Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Relatórios do Nextflow

Esses relatórios do Nextflow fornecem um excelente resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem.

Arquivo	Descrição
merlin-dag.dot	A visualização DAG do Nextflow
merlin-report.html	O Relatório de Execução do Nextflow
merlin-timeline.html	O Relatório de Linha do Tempo do Nextflow
merlin-trace.txt	O relatório de Rastreamento do Nextflow

Parâmetros

Parâmetros Obrigatórios

Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--bactopia	string		O caminho para os resultados do bactopia a serem usados como entradas

Parâmetros do mashdist

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--mash_sketch	string		A sequência de referência como um Mash Sketch (arquivo .msh)
--mash_seed	integer	42	Semente fornecida à função hash
--mash_table	boolean	false	Saída em formato de tabela (campos ficarão em branco se não atenderem ao limite de p-valor)
--mash_m	integer	1	Número mínimo de cópias de cada k-mer necessário para passar pelo filtro de ruído para reads
--mash_w	number	0.01	Limite de probabilidade para aviso sobre tamanho de k-mer pequeno
--mash_max_p	number	1.0	Valor máximo de p a ser reportado
--mash_max_dist	number	1.0	Distância máxima a ser reportada
--merlin_dist	number	0.1	Distância máxima a ser reportada ao usar o Merlin
--full_merlin	boolean	false	Ativa o Merlin completo e executa todas as ferramentas espécie-específicas, independentemente da distância Mash
--mash_use_fastqs	boolean	false	Consultar com FASTQs em vez das montagens

Parâmetros do ClermonTyping

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--clermontyping_threshold	integer	0	Não usar contigs abaixo deste tamanho

Parâmetros do csvtk concat

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--csvtk_concat_opts	string		Opções extras do csvtk concat entre aspas

Parâmetros do ECTyper

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--ectyper_opid	integer	90	Percentual de identidade necessário para correspondência de alelo do antígeno O
--ectyper_opcov	integer	90	Percentual mínimo de cobertura necessário para correspondência de alelo do antígeno O
--ectyper_hpid	integer	95	Percentual de identidade necessário para correspondência de alelo do antígeno H
--ectyper_hpcov	integer	50	Percentual mínimo de cobertura necessário para correspondência de alelo do antígeno H
--ectyper_verify	boolean	false	Habilitar verificação de espécie de E. coli
--ectyper_print_alleles	boolean	false	Imprime as sequências de alelos como coluna final, se habilitado

Parâmetros do emmtyper

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--emmtyper_wf	string	blast	Fluxo de trabalho a ser usado pelo emmtyper. (opções: blast, pcr)
--emmtyper_blastdb	string		Caminho para banco de dados EMM BLAST personalizado
--emmtyper_cluster_distance	integer	500	Distância entre grupos de correspondências para considerar como clusters diferentes
--emmtyper_percid	integer	95	Percentual mínimo de identidade da sequência
--emmtyper_culling_limit	integer	5	Total de hits a retornar em uma posição
--emmtyper_mismatch	integer	5	Limite para o número de mismatches permitidos em um hit BLAST
--emmtyper_align_diff	integer	5	Limite para diferença entre comprimento do alinhamento e comprimento do sujeito no BLAST
--emmtyper_gap	integer	2	Limite de gap permitido em hit BLAST
--emmtyper_min_perfect	integer	15	Tamanho mínimo de correspondência perfeita na extremidade 3' do primer
--emmtyper_min_good	integer	15	Tamanho mínimo onde deve haver 2 correspondências para cada mismatch
--emmtyper_max_size	integer	2000	Tamanho máximo do produto de PCR

Parâmetros do hicap

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--hicap_database_dir	string		Diretório contendo o banco de dados de locus
--hicap_model_fp	string		Caminho para o modelo prodigal
--hicap_full_sequence	boolean	false	Escrever a sequência de entrada completa no arquivo genbank em vez de apenas a região ao redor do locus
--hicap_debug	boolean	false	hicap imprimirá mensagens de depuração
--hicap_gene_coverage	number	0.8	Percentual mínimo de cobertura para considerar um gene individual completo
--hicap_gene_identity	number	0.7	Percentual mínimo de identidade para considerar um gene individual completo
--hicap_broken_gene_length	integer	60	Comprimento mínimo para considerar um gene quebrado
--hicap_broken_gene_identity	number	0.8	Percentual mínimo de identidade para considerar um gene quebrado

Parâmetros do Mykrobe

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--mykrobe_species	string		Painel de espécies a usar (opções: sonnei, staph, tb, typhi)
--mykrobe_kmer	integer	21	Comprimento do k-mer
--mykrobe_min_depth	integer	1	Profundidade mínima
--mykrobe_model	string	kmer_count	Modelo de genótipo utilizado. (opções: kmer_count, median_depth)
--mykrobe_report_all_calls	boolean	false	Reportar todas as chamadas
--mykrobe_opts	string		Opções extras do Mykrobe entre aspas

Parâmetros do GenoTyphi

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--genotyphi_kmer	integer	21	Comprimento do k-mer
--genotyphi_min_depth	integer	1	Profundidade mínima
--genotyphi_model	string	kmer_count	Modelo de genótipo utilizado. (opções: kmer_count, median_depth)
--genotyphi_report_all_calls	boolean	false	Reportar todas as chamadas
--genotyphi_mykrobe_opts	string		Opções extras do Mykrobe entre aspas

Parâmetros do Kleborate

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--kleborate_preset	string	kpsc	Módulo preset a usar no Kleborate (opções: kpsc, kosc, escherichia)
--kleborate_opts	string		Opções extras entre aspas para o Kleborate

Parâmetros do legsta

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--legsta_noheader	boolean	false	Não imprimir linha de cabeçalho

Parâmetros do LisSero

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--lissero_min_id	number	95.0	Percentual mínimo de identidade para aceitar uma correspondência
--lissero_min_cov	number	95.0	Cobertura mínima do gene para aceitar uma correspondência

Parâmetros do ngmaster

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--ngmaster_csv	boolean	false	saída no formato separado por vírgulas (CSV) em vez de separado por tabulações

Parâmetros do pasty

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--pasty_min_pident	integer	95	Percentual mínimo de identidade para contabilizar um hit
--pasty_min_coverage	integer	95	Percentual mínimo de cobertura para contabilizar um hit

Parâmetros do pbptyper

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--pbptyper_min_pident	integer	95	Percentual mínimo de identidade para contabilizar um hit
--pbptyper_min_coverage	integer	95	Percentual mínimo de cobertura para contabilizar um hit

Parâmetros do SeqSero2

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--seqsero2_run_mode	string	k	Fluxo de trabalho a executar. 'a' modo alelo, ou 'k' modo k-mer (opções: a, k)
--seqsero2_input_type	string	assembly	Formato de entrada a analisar. 'assembly' ou 'fastq' (opções: assembly, fastq)
--seqsero2_bwa_mode	string	mem	Algoritmos para mapeamento bwa no modo alelo (opções: mem, sam)

Parâmetros do SeroBA

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--seroba_noclean	boolean	false	Não limpar arquivos intermediários
--seroba_coverage	integer	20	Limite de cobertura de k-mer da sequência de referência

Parâmetros do SISTR

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--sistr_full_cgmlst	boolean	false	Usar o conjunto completo de alelos cgMLST, que pode incluir alelos altamente similares

Parâmetros do AgrVATE

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--agrvate_typing_only	boolean	false	Apenas tipagem agr. Ignora a extração do operon agr e detecção de frameshift

Parâmetros do spaTyper

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--spatyper_repeats	string		Lista de repetições spa
--spatyper_repeat_order	string		Lista de tipos spa e ordem das repetições
--spatyper_do_enrich	boolean	false	Realizar enriquecimento de produto de PCR

Parâmetros do sccmec

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--sccmec_min_targets_pident	integer	90	Percentual mínimo de identidade para contabilizar um hit de alvo
--sccmec_min_targets_coverage	integer	80	Percentual mínimo de cobertura para contabilizar um hit de alvo
--sccmec_min_regions_pident	integer	85	Percentual mínimo de identidade para contabilizar um hit de região
--sccmec_min_regions_coverage	integer	93	Percentual mínimo de cobertura para contabilizar um hit de região

Parâmetros do StaphSCAN

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--staphscan_modules	string		Lista de módulos a executar separados por vírgula
--staphscan_db_mlst	string		Caminho ou tarball para banco de dados MLST personalizado

Parâmetros do STECFinder

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--stecfinder_use_reads	boolean	false	Reads paired-end Illumina serão usados em vez de montagens
--stecfinder_hits	boolean	false	Mostrar resultados detalhados de busca de genes
--stecfinder_cutoff	number	10.0	Cobertura mínima de reads para chamar um gene
--stecfinder_length	number	50.0	Percentual do comprimento do gene necessário para chamada positiva
--stecfinder_ipah_length	number	10.0	Percentual do comprimento do gene ipaH necessário para chamada de gene positiva
--stecfinder_ipah_depth	number	1.0	Profundidade mínima para chamada positiva do gene ipaH (requer --stecfinder_use_reads)
--stecfinder_stx_length	number	10.0	Percentual do comprimento do gene stx necessário para chamada de gene positiva
--stecfinder_stx_depth	number	1.0	Profundidade mínima para chamada positiva do gene stx (requer --stecfinder_use_reads)
--stecfinder_o_length	number	60.0	Percentual do comprimento do gene wz_ necessário para chamada positiva
--stecfinder_o_depth	number	1.0	Profundidade mínima para chamada positiva do gene qz_ (requer --stecfinder_use_reads)
--stecfinder_h_length	number	60.0	Percentual do comprimento do gene fliC necessário para chamada positiva
--stecfinder_h_depth	number	1.0	Profundidade mínima para chamada positiva do gene fliC (requer --stecfinder_use_reads)

Parâmetros do TB-Profiler Profile

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--tbprofiler_call_whole_genome	boolean	false	Chamar genoma completo
--tbprofiler_mapper	string	bwa	Ferramenta de mapeamento a usar. Se estiver usando dados nanopore, o padrão será minimap2 (opções: bwa, minimap2, bowtie2, bwa-mem2)
--tbprofiler_caller	string	freebayes	Ferramenta de chamada de variantes a usar (opções: bcftools, gatk, freebayes)
--tbprofiler_calling_params	string		Opções extras do chamador de variantes entre aspas
--tbprofiler_suspect	boolean	false	Usar o conjunto de ferramentas suspect para adicionar predições de ML
--tbprofiler_no_flagstat	boolean	false	Não coletar flagstats
--tbprofiler_no_delly	boolean	false	Não executar delly
--tbprofiler_opts	string		Opções extras entre aspas para o TBProfiler

Parâmetros do TB-Profiler Collate

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--tbprofiler_itol	boolean	false	Gerar arquivos de configuração itol
--tbprofiler_full	boolean	false	Incluir mutações no arquivo de resultado principal
--tbprofiler_all_variants	boolean	false	Incluir todas as variantes na matriz de variantes
--tbprofiler_mark_missing	boolean	false	Um asterisco será usado para marcar predições afetadas por dados ausentes em posição de resistência a drogas

Parâmetros de Filtragem

Use esses parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--include	string		Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise
--exclude	string		Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise

Parâmetros Opcionais

Esses parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--outdir	string	bactopia	Diretório base para salvar os resultados
--skip_compression	boolean	false	Os arquivos de saída não serão comprimidos
--datasets	string		O caminho para armazenar em cache os conjuntos de dados
--keep_all_files	boolean	false	Mantém todos os arquivos de análise criados

Parâmetros de Recursos Máximos por Job

Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--max_retry	integer	3	Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que falhe
--max_cpus	integer	4	Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual
--max_memory	string	128.GB	Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual
--max_time	string	240.h	Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual
--max_downloads	integer	3	Número máximo de amostras para baixar simultaneamente

Parâmetros de Configuração do Nextflow

Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--nfconfig	string		Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que substituirá variáveis existentes se definido
--publish_dir_mode	string	copy	Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: symlink, rellink, link, copy, copyNoFollow, move)
--infodir	string	${params.outdir}/pipeline_info	Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline
--force	boolean	false	O Nextflow irá sobrescrever arquivos de saída existentes
--cleanup_workdir	boolean	false	Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório work será excluído

Opções de configuração institucional

Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--custom_config_version	string	master	ID de commit Git para configurações institucionais
--custom_config_base	string	https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master	Diretório base para configurações institucionais
--config_profile_name	string		Nome do perfil de configuração institucional
--config_profile_description	string		Descrição do perfil de configuração institucional
--config_profile_contact	string		Informações de contato do perfil de configuração institucional
--config_profile_url	string		URL do perfil de configuração institucional

Parâmetros de Perfil do Nextflow

Parâmetros para ajustar sua configuração do Nextflow.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--condadir	string		Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda
--registry	string	quay.io	Registro de onde baixar os contêineres Docker
--datasets_cache	string	<HOME>/.bactopia/datasets	Diretório onde os conjuntos de dados baixados devem ser armazenados
--singularity_cache	string		Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas
--singularity_pull_docker_container	boolean		Em vez de baixar imagens Singularity diretamente, forçar o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker
--force_rebuild	boolean	false	Forçar a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes
--queue	string	general,high-memory	Nome(s) da(s) fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex: AWS Batch ou SLURM)
--cluster_opts	string		Opções adicionais a passar ao executor. (ex: SLURM: '--account=my_acct_name')
--container_opts	string		Opções adicionais a passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex: Singularity: '-D pwd')
--disable_scratch	boolean	false	Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal

Parâmetros Úteis

Parâmetros usados com pouca frequência que podem ser úteis.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--monochrome_logs	boolean		Não usar saídas de log coloridas
--nfdir	boolean		Imprimir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia
--sleep_time	integer	5	O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os conjuntos de dados antes da execução
--validate_params	boolean	true	Booleano para validar os parâmetros em relação ao esquema em tempo de execução
--help	boolean		Exibir texto de ajuda
--wf	string	bactopia	Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar
--list_wfs	boolean		Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para usar com '--wf'
--show_hidden_params	boolean		Mostrar todos os parâmetros ao usar --help
--help_all	boolean		Um alias para --help --show_hidden_params
--version	boolean		Exibir texto da versão

Composição

Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows:

• bactopia_datasets - Baixar e fornecer conjuntos de dados pré-compilados necessários pelo Bactopia.
• merlin - Seleção de ferramentas bactopia espécie-específicas assistida por MinER.

Citações

Se você usar isso em sua análise, cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• Mash
  Ondov BD, Treangen TJ, Melsted P, Mallonee AB, Bergman NH, Koren S, Phillippy AM Mash: fast genome and metagenome distance estimation using MinHash. Genome Biol 17, 132 (2016)

Fonte

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