genotyphi

Tags: salmonella-typhi genotyping lineage amr mykrobe bactopia-tool

Genotipagem de Salmonella Typhi com atribuição de linhagem.

Esta Bactopia Tool utiliza o GenoTyphi para identificar linhagens de Typhi, determinantes de resistência antimicrobiana e marcadores plasmidiais em amostras de Salmonella Typhi. As amostras são processadas primeiro pelo Mykrobe usando mykrobe predict com typhi especificado como espécie. Em seguida, os resultados do Mykrobe são processados pelo script parse_typhi_mykrobe.py do GenoTyphi.

Uso

Bactopia CLI:

bactopia --wf genotyphi \
  --bactopia /path/to/your/bactopia/results

Nextflow:

nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/genotyphi/main.nf \
  --bactopia /path/to/your/bactopia/results

Saídas

Arquivos de Saída Esperados

<BACTOPIA_DIR>
├── <SAMPLE_NAME>
│   └── tools
│       └── genotyphi-<TIMESTAMP>
│           ├── <SAMPLE_NAME>.csv
│           ├── <SAMPLE_NAME>.json
│           ├── <SAMPLE_NAME>.tsv
│           └── logs
│               ├── genotyphi-<TIMESTAMP>
│               │   ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│               │   └── versions.yml
│               └── mykrobe
│                   ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│                   └── versions.yml
└── bactopia-runs
    └── genotyphi-<TIMESTAMP>
        ├── merged-results
        │   ├── genotyphi.tsv
        │   └── logs
        │       └── genotyphi-concat
        │           ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
        │           └── versions.yml
        └── nf-reports
            ├── genotyphi-dag.dot
            ├── genotyphi-report.html
            └── genotyphi-timeline.html

Resultados por Amostra

Arquivo	Descrição
*.json	Resultados da predição do Mykrobe
*.tsv	Resultados processados pelo GenoTyphi

Resultados Consolidados

Arquivo	Descrição
genotyphi.tsv	Arquivo TSV consolidado contendo os resultados do GenoTyphi de todas as amostras

Trilha de Auditoria

Abaixo estão os arquivos que podem ajudar a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados.

Logs

Cada processo executado terá uma pasta chamada logs. Nesta pasta estão arquivos úteis para revisar caso necessário.

Extensão	Descrição
.begin	Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado
.err	Contém as saídas STDERR do processo
.log	Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo
.out	Contém as saídas STDOUT do processo
.run	O script que o Nextflow usa para preparar/remover arquivos e enfileirar processos com base no perfil configurado
.sh	O script executado pelo bash para o processo
.trace	O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo
versions.yml	Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Relatórios do Nextflow

Esses relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Eles podem ser usados para otimizar o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem.

Arquivo	Descrição
genotyphi-dag.dot	A visualização DAG do Nextflow
genotyphi-report.html	O Relatório de Execução do Nextflow
genotyphi-timeline.html	O Relatório de Linha do Tempo do Nextflow
genotyphi-trace.txt	O relatório de Rastreamento do Nextflow

Parâmetros

Parâmetros Obrigatórios

Defina onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--bactopia	string		O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entrada

Parâmetros do Mykrobe

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--mykrobe_species	string		Painel de espécie a utilizar (opções: sonnei, staph, tb, typhi)
--mykrobe_kmer	integer	21	Comprimento do K-mer
--mykrobe_min_depth	integer	1	Profundidade mínima
--mykrobe_model	string	kmer_count	Modelo de genotipagem utilizado. (opções: kmer_count, median_depth)
--mykrobe_report_all_calls	boolean	false	Reportar todas as chamadas
--mykrobe_opts	string		Opções extras do Mykrobe entre aspas

Parâmetros do GenoTyphi

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--genotyphi_kmer	integer	21	Comprimento do K-mer
--genotyphi_min_depth	integer	1	Profundidade mínima
--genotyphi_model	string	kmer_count	Modelo de genotipagem utilizado. (opções: kmer_count, median_depth)
--genotyphi_report_all_calls	boolean	false	Reportar todas as chamadas
--genotyphi_mykrobe_opts	string		Opções extras do Mykrobe entre aspas

Parâmetros do csvtk concat

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--csvtk_concat_opts	string		Opções extras do csvtk concat entre aspas

Parâmetros de Filtragem

Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--include	string		Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a incluir na análise
--exclude	string		Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a excluir da análise

Parâmetros Opcionais

Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--outdir	string	bactopia	Diretório base para gravar os resultados
--skip_compression	boolean	false	Os arquivos de saída não serão comprimidos
--datasets	string		O caminho para armazenar em cache os conjuntos de dados
--keep_all_files	boolean	false	Mantém todos os arquivos de análise criados

Parâmetros de Requisição Máxima de Jobs

Defina o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--max_retry	integer	3	Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe.
--max_cpus	integer	4	Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual.
--max_memory	string	128.GB	Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual.
--max_time	string	240.h	Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual.
--max_downloads	integer	3	Número máximo de amostras para baixar simultaneamente

Parâmetros de Configuração do Nextflow

Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--nfconfig	string		Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido.
--publish_dir_mode	string	copy	Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: symlink, rellink, link, copy, copyNoFollow, move)
--infodir	string	${params.outdir}/pipeline_info	Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline.
--force	boolean	false	O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes.
--cleanup_workdir	boolean	false	Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório work será excluído.

Opções de configuração institucional

Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--custom_config_version	string	master	ID do commit Git para configurações institucionais.
--custom_config_base	string	https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master	Diretório base para configurações institucionais.
--config_profile_name	string		Nome do perfil de configuração institucional.
--config_profile_description	string		Descrição do perfil de configuração institucional.
--config_profile_contact	string		Informações de contato do perfil de configuração institucional.
--config_profile_url	string		URL do perfil de configuração institucional.

Parâmetros de Perfil do Nextflow

Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--condadir	string		Diretório que o Nextflow deve usar para os ambientes Conda
--registry	string	quay.io	Registro do qual os contêineres Docker serão baixados.
--datasets_cache	string	<HOME>/.bactopia/datasets	Diretório onde os conjuntos de dados baixados devem ser armazenados.
--singularity_cache	string		Diretório onde as imagens remotas do Singularity são armazenadas.
--singularity_pull_docker_container	boolean		Em vez de baixar diretamente imagens Singularity, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker.
--force_rebuild	boolean	false	Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes.
--queue	string	general,high-memory	Nome(s) de fila(s) separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM)
--cluster_opts	string		Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name'
--container_opts	string		Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D pwd'
--disable_scratch	boolean	false	Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal.

Parâmetros Úteis

Parâmetros raramente usados que podem ser úteis.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--monochrome_logs	boolean		Não usar saídas de log coloridas.
--nfdir	boolean		Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia
--sleep_time	integer	5	O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os conjuntos de dados antes da execução.
--validate_params	boolean	true	Indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao esquema em tempo de execução
--help	boolean		Exibir texto de ajuda.
--wf	string	bactopia	Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar
--list_wfs	boolean		Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf'
--show_hidden_params	boolean		Mostrar todos os parâmetros ao usar --help
--help_all	boolean		Um alias para --help --show_hidden_params
--version	boolean		Exibir texto de versão.

Composição

Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows:

• genotyphi - Atribuir genótipos a genomas de Salmonella Typhi.

Citações

Se você usar esta ferramenta em sua análise, por favor cite os seguintes trabalhos.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• GenoTyphi
  Wong VK, Baker S, Connor TR, Pickard D, Page AJ, Dave J, Murphy N, Holliman R, Sefton A, Millar M, Dyson ZA, Dougan G, Holt KE, & International Typhoid Consortium. An extended genotyping framework for Salmonella enterica serovar Typhi, the cause of human typhoid Nature Communications 7, 12827. (2016)

• Mykrobe
  Hunt M, Bradley P, Lapierre SG, Heys S, Thomsit M, Hall MB, Malone KM, Wintringer P, Walker TM, Cirillo DM, Comas I, Farhat MR, Fowler P, Gardy J, Ismail N, Kohl TA, Mathys V, Merker M, Niemann S, Omar SV, Sintchenko V, Smith G, Supply P, Tahseen S, Wilcox M, Arandjelovic I, Peto TEA, Crook, DW, Iqbal Z Antibiotic resistance prediction for Mycobacterium tuberculosis from genome sequence data with Mykrobe Wellcome Open Research 4, 191. (2019)

Fonte

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