abritamr

Tags: bacteria antimicrobial-resistance virulence amr nata bactopia-tool

Uma ferramenta acreditada pela NATA para reportar a presença de genes de resistência antimicrobiana.

Esta Bactopia Tool utiliza o abriTAMR para identificar genes de resistência antimicrobiana em genomas bacterianos. Ela executa o AMRFinderPlus em cada amostra e consolida os resultados em classes funcionais, produzindo relatórios detalhados sobre genes de resistência, correspondências parciais e fatores de virulência. É acreditada pela NATA para uso na notificação da presença de genes de resistência antimicrobiana reportáveis em Victoria, Austrália.

Uso

Bactopia CLI:

bactopia --wf abritamr \
  --bactopia /path/to/your/bactopia/results

Nextflow:

nextflow run bactopia/bactopia/workflows/bactopia-tools/abritamr/main.nf \
  --bactopia /path/to/your/bactopia/results

Saídas

Arquivos de Saída Esperados

<BACTOPIA_DIR>
├── <SAMPLE_NAME>
│   └── tools
│       └── abritamr-<TIMESTAMP>
│           ├── <SAMPLE_NAME>.abritamr.tsv
│           ├── <SAMPLE_NAME>.amrfinder.out
│           ├── <SAMPLE_NAME>.summary_matches.tsv
│           ├── <SAMPLE_NAME>.summary_partials.tsv
│           ├── <SAMPLE_NAME>.summary_virulence.tsv
│           └── logs
│               ├── abritamr.log
│               ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
│               ├── update_abritamr_db.log
│               └── versions.yml
└── bactopia-runs
    └── abritamr-<TIMESTAMP>
        ├── merged-results
        │   ├── abritamr.tsv
        │   └── logs
        │       └── abritamr-concat
        │           ├── nf.command.{begin,err,log,out,run,sh,trace}
        │           └── versions.yml
        └── nf-reports
            ├── abritamr-dag.dot
            ├── abritamr-report.html
            └── abritamr-timeline.html

Resultados por Amostra

Arquivo	Descrição
*.abritamr.txt	Arquivo delimitado por tabulação combinando arquivos de resumo não vazios do abriTAMR
*.amrfinder.out	Saída bruta do AMRFinderPlus (por sequência)
*.summary_matches.txt	Arquivo delimitado por tabulação com correspondências de genes de resistência por sequência
*.summary_partials.txt	Arquivo delimitado por tabulação com correspondências parciais de genes de resistência
*.summary_virulence.txt	Arquivo delimitado por tabulação com classificações de genes de virulência

Resultados Consolidados

Arquivo	Descrição
abritamr.tsv	Arquivo TSV consolidado contendo resumos de resistência antimicrobiana de todas as amostras

Trilha de Auditoria

Abaixo estão os arquivos que podem ajudar você a entender quais parâmetros e versões de programas foram utilizados.

Logs

Cada processo executado terá uma pasta chamada logs. Nesta pasta há arquivos úteis para você revisar caso necessário.

Extensão	Descrição
.begin	Um arquivo vazio usado para indicar que o processo foi iniciado
.err	Contém as saídas STDERR do processo
.log	Contém as saídas STDERR e STDOUT do processo
.out	Contém as saídas STDOUT do processo
.run	O script que o Nextflow usa para preparar/desfazer arquivos e enfileirar processos com base no perfil fornecido
.sh	O script executado pelo bash para o processo
.trace	O relatório de rastreamento do Nextflow para o processo
versions.yml	Um arquivo no formato YAML com as versões dos programas

Relatórios do Nextflow

Estes relatórios do Nextflow fornecem um ótimo resumo da sua execução. Podem ser usados para otimizar o uso de recursos e estimar custos esperados ao utilizar plataformas em nuvem.

Nome do arquivo	Descrição
abritamr-dag.dot	A visualização DAG do Nextflow
abritamr-report.html	O Relatório de Execução do Nextflow
abritamr-timeline.html	O Relatório de Linha do Tempo do Nextflow
abritamr-trace.txt	O relatório de Rastreamento do Nextflow

Parâmetros

Parâmetros Obrigatórios

Define onde o pipeline deve encontrar os dados de entrada e salvar os dados de saída.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--bactopia	string		O caminho para os resultados do Bactopia a serem usados como entradas

Parâmetros do abriTAMR

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--abritamr_species	string		Usa mutações pontuais específicas da espécie; deve fornecer uma espécie válida
--abritamr_identity	integer		Identidade mínima das correspondências com o amrfinder (0 - 1.0), padrão conforme preset do amrfinder

Parâmetros do csvtk concat

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--csvtk_concat_opts	string		Opções extras do csvtk concat entre aspas

Parâmetros de Filtragem

Use estes parâmetros para especificar quais amostras incluir ou excluir.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--include	string		Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem incluídas na análise
--exclude	string		Um arquivo de texto contendo nomes de amostras (um por linha) a serem excluídas da análise

Parâmetros Opcionais

Estes parâmetros opcionais podem ser úteis em determinadas situações.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--outdir	string	bactopia	Diretório base para salvar os resultados
--skip_compression	boolean	false	Os arquivos de saída não serão comprimidos
--datasets	string		O caminho para armazenar em cache os datasets
--keep_all_files	boolean	false	Mantém todos os arquivos de análise criados

Parâmetros de Limite Máximo de Jobs

Define o limite máximo de recursos solicitados para qualquer job individual.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--max_retry	integer	3	Número máximo de tentativas de um processo antes de permitir que ele falhe.
--max_cpus	integer	4	Número máximo de CPUs que podem ser solicitadas para qualquer job individual.
--max_memory	string	128.GB	Quantidade máxima de memória que pode ser solicitada para qualquer job individual.
--max_time	string	240.h	Tempo máximo que pode ser solicitado para qualquer job individual.
--max_downloads	integer	3	Número máximo de amostras para baixar simultaneamente

Parâmetros de Configuração do Nextflow

Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--nfconfig	string		Um arquivo de configuração compatível com Nextflow para perfis personalizados, carregado por último e que sobrescreverá variáveis existentes se definido.
--publish_dir_mode	string	copy	Método usado para salvar os resultados do pipeline no diretório de saída. (opções: symlink, rellink, link, copy, copyNoFollow, move)
--infodir	string	${params.outdir}/pipeline_info	Diretório para manter os logs e relatórios do Nextflow do pipeline.
--force	boolean	false	O Nextflow sobrescreverá arquivos de saída existentes.
--cleanup_workdir	boolean	false	Após a execução bem-sucedida do Bactopia, o diretório work será excluído.

Opções de configuração institucional

Parâmetros usados para descrever perfis de configuração centralizados. Estes não devem ser editados.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--custom_config_version	string	master	ID do commit Git para configurações institucionais.
--custom_config_base	string	https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/master	Diretório base para configurações institucionais.
--config_profile_name	string		Nome do perfil institucional.
--config_profile_description	string		Descrição do perfil institucional.
--config_profile_contact	string		Informações de contato do perfil institucional.
--config_profile_url	string		Link de URL do perfil institucional.

Parâmetros de Perfil do Nextflow

Parâmetros para ajustar a configuração do Nextflow.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--condadir	string		Diretório que o Nextflow deve usar para ambientes Conda
--registry	string	quay.io	Registro de onde baixar os contêineres Docker.
--datasets_cache	string	<HOME>/.bactopia/datasets	Diretório onde os datasets baixados devem ser armazenados.
--singularity_cache	string		Diretório onde as imagens Singularity remotas são armazenadas.
--singularity_pull_docker_container	boolean		Em vez de baixar imagens Singularity diretamente, força o fluxo de trabalho a baixar e converter contêineres Docker.
--force_rebuild	boolean	false	Força a sobrescrita de ambientes pré-construídos existentes.
--queue	string	general,high-memory	Nome(s) de fila separados por vírgula a serem usados por um agendador de jobs (ex.: AWS Batch ou SLURM)
--cluster_opts	string		Opções adicionais para passar ao executor. (ex.: SLURM: '--account=my_acct_name'
--container_opts	string		Opções adicionais para passar ao Apptainer, Docker ou Singularity. (ex.: Singularity: '-D pwd'
--disable_scratch	boolean	false	Todos os arquivos intermediários criados nos nós de trabalho serão transferidos para o nó principal.

Parâmetros Úteis

Parâmetros raramente usados que podem ser úteis.

Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
--monochrome_logs	boolean		Não usar saídas de log coloridas.
--nfdir	boolean		Exibir o diretório para o qual o Nextflow baixou o Bactopia
--sleep_time	integer	5	O tempo (em segundos) que o Nextflow aguardará após configurar os datasets antes da execução.
--validate_params	boolean	true	Booleano que indica se os parâmetros devem ser validados em relação ao schema em tempo de execução
--help	boolean		Exibir texto de ajuda.
--wf	string	bactopia	Especificar qual fluxo de trabalho ou Bactopia Tool executar
--list_wfs	boolean		Listar os fluxos de trabalho e Bactopia Tools disponíveis para uso com '--wf'
--show_hidden_params	boolean		Mostrar todos os parâmetros ao usar --help
--help_all	boolean		Um alias para --help --show_hidden_params
--version	boolean		Exibir texto de versão.

Composição

Este fluxo de trabalho utiliza os seguintes subworkflows:

• abritamr - Identificar genes de resistência antimicrobiana usando AMRFinderPlus.

Citações

Se você usar isso em sua análise, por favor cite o seguinte.

• Bactopia
  Petit III RA, Read TD Bactopia - a flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes. mSystems 5 (2020)

• abriTAMR
  Sherry NL, Horan KA, Ballard SA, Gonҫalves da Silva A, Gorrie CL, Schultz MB, Stevens K, Valcanis M, Sait ML, Stinear TP, Howden BP, and Seemann T An ISO-certified genomics workflow for identification and surveillance of resistencia antimicrobiana. Nature Communications, 14(1), 60. (2023)

• AMRFinderPlus
  Feldgarden M, Brover V, Haft DH, Prasad AB, Slotta DJ, Tolstoy I, Tyson GH, Zhao S, Hsu C-H, McDermott PF, Tadesse DA, Morales C, Simmons M, Tillman G, Wasilenko J, Folster JP, Klimke W Validating the NCBI AMRFinder Tool and Resistance Gene Database Using resistencia antimicrobiana Genotype-Phenotype Correlations in a Collection of NARMS Isolates. Antimicrob. Agents Chemother. (2019)

• csvtk
  Shen, W csvtk: A cross-platform, efficient and practical CSV/TSV toolkit in Golang. (GitHub)

Fonte

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