Bactopia Tools

Bactopia Tools são fluxos de trabalho de análise adicionais que executam ferramentas específicas sobre resultados existentes do Bactopia. Há 69 Bactopia Tools disponíveis. Você também pode navegar por tag.

Fluxo de trabalho	Descrição
abricate	Triagem em massa de contigs para genes de resistência antimicrobiana e virulência.
abritamr	Uma ferramenta acreditada pela NATA para reportar a presença de genes de resistência antimicrobiana.
agrvate	Identificação rápida do tipo de locus agr e variantes do operon agr de Staphylococcus aureus.
amrfinderplus	Bactopia Tool: Amrfinderplus.
ariba	Identificação de genes por meio de montagens locais.
bakta	Anotação rápida de genomas bacterianos e plasmídeos.
blastn	Busca em bancos de dados de nucleotídeos BLAST usando consultas de nucleotídeos.
blastp	Busca em bancos de dados de proteínas BLAST usando consultas de proteínas.
blastx	Busca em bancos de dados de proteínas BLAST usando consultas de nucleotídeos traduzidos.
bracken	Estimativa de abundância taxonômica de amostras metagenômicas.
btyper3	Classificação taxonômica de isolados do grupo Bacillus cereus.
busco	Avaliação da completude da montagem de genomas usando expectativas evolutivas.
checkm	Avaliação da qualidade da montagem de genomas microbianos.
checkm2	Avaliação da qualidade da montagem de genomas microbianos baseada em aprendizado de máquina.
clermontyping	Filotipagem in silico do gênero Escherichia.
defensefinder	Identificação sistemática de sistemas de defesa anti-fago.
ectyper	Predição in silico do sorotipo de Escherichia coli.
eggnog	Anotação funcional de proteínas usando grupos ortólogos e filogenias.
emmtyper	Tipagem emm de montagens de Streptococcus pyogenes.
fastani	Computação rápida sem alinhamento da Identidade Média de Nucleotídeos de genoma completo.
gamma	Identificação, classificação e anotação de correspondências de genes traduzidos.
genotyphi	Genotipagem de Salmonella Typhi com atribuição de linhagem.
gigatyper	Executa todos os esquemas MLST disponíveis para uma espécie contra uma montagem.
gtdb	Identificação de genes marcadores e atribuição de classificações taxonômicas usando GTDB.
hicap	Identificação do sorotipo e estrutura do locus cap em montagens de Haemophilus influenzae.
hpsuissero	Predição de sorotipo de montagens de Haemophilus parasuis.
ismapper	Identificação de posições de sequências de inserção em genomas bacterianos.
kleborate	Triagem abrangente de genomas de Klebsiella para determinantes de virulência e resistência.
kraken2	Classificação taxonômica de reads de sequências metagenômicas.
legsta	Tipagem Baseada em Sequência (SBT) de Legionella pneumophila.
lissero	Predição de tipagem de sorogrupo para Listeria monocytogenes.
mashdist	Cálculo de distâncias Mash entre sequências e genomas de referência.
mashtree	Construção rápida de árvore filogenética usando distâncias Mash.
mcroni	Análise de variação de sequência de genes mcr-1 (resistência à colistina mobilizada).
meningotype	Tipagem abrangente de Neisseria meningitidis.
merlin	Seleção e execução de ferramentas espécie-específicas assistida por MinMER.
midas	Estimativa de abundâncias de espécies a partir de amostras metagenômicas.
mlst	Chamada automática de Tipo de Sequência Multi-Locus (MLST) a partir de contigs montados.
mobsuite	Reconstrução e anotação de plasmídeos a partir de montagens de genomas bacterianos.
mykrobe	Detecção de resistência antimicrobiana para espécies bacterianas específicas.
ngmaster	Tipagem de sequência multi-antígeno de Neisseria gonorrhoeae.
pangenome	Análise de pan-genoma com filogenia do genoma core opcional.
pasty	Sorogrupamento in silico de isolados de Pseudomonas aeruginosa.
pbptyper	Tipagem de Proteína de Ligação à Penicilina (PBP) para Streptococcus pneumoniae.
phispy	Predição de profagos em genomas bacterianos e arqueais.
plasmidfinder	Bactopia Tool: Plasmidfinder.
pneumocat	Atribuição de tipo capsular a Streptococcus pneumoniae a partir de reads de sequenciamento.
prokka	Anotação rápida de genoma completo de genomas bacterianos, arqueais e virais.
quast	Avaliação de qualidade de contigs montados usando QUAST.
rgi	Predição de genes de resistência a antibióticos usando RGI.
sccmec	Tipagem de cassetes SCCmec em montagens de Staphylococcus aureus.
scrubber	Remoção de sequências humanas e contaminantes de reads metagenômicos.
seqsero2	Predição de sorotipo de Salmonella a partir de reads de sequenciamento ou montagens.
seroba	Sorotipagem de Streptococcus pneumoniae a partir de reads paired-end de Illumina.
shigapass	Predição de sorotipos de Shigella e diferenciação de EIEC.
shigatyper	Determinação rápida de sorotipos de Shigella a partir de reads de sequenciamento.
shigeifinder	Predição in silico de sorotipo para Shigella e E. coli Enteroinvasiva (EIEC).
sistr	Predição de serovar de Salmonella enterica a partir de montagens.
snippy	Chamada rápida de variantes de haplótipo e alinhamento do genoma core.
spatyper	Tipagem spa de montagens de Staphylococcus aureus.
ssuissero	Predição de sorotipo de montagens de Streptococcus suis.
staphscan	Análise de vigilância baseada em genoma de Staphylococcus aureus.
staphtyper	Tipagem abrangente de genomas de Staphylococcus aureus.
stecfinder	Identificação de sorotipo de E. coli produtora de toxina Shiga.
sylph	Perfilamento taxonômico por MinHash corrigido por abundância.
tblastn	Busca em bancos de dados de nucleotídeos traduzidos usando consultas de proteínas.
tblastx	Busca em bancos de dados de nucleotídeos traduzidos usando consultas de nucleotídeos traduzidos.
tbprofiler	Detecção de resistência antimicrobiana e tipagem de linhagem de Mycobacterium tuberculosis.
traitar	Predição de características fenotípicas a partir de genomas microbianos.