Bactopia

Um pipeline Nextflow de fluxo de trabalho completo para análise de genomas bacterianos.

Configure em minutos

Instale o Bactopia pelo Bioconda e comece a processar genomas em minutos

Instalação

Genômica bacteriana sem complicações

Pipeline simplificado para análise eficiente e completa de genomas bacterianos

Guia para Iniciantes

Expanda suas análises facilmente

Amplie seus estudos rapidamente com uma variedade de fluxos de trabalho complementares e prontos para uso

Bactopia Tools

Gerando impacto

Uma ferramenta gratuita e de código aberto que contribui regularmente para a comunidade

Impacto e Divulgação

Visão Geral

Bactopia é um pipeline flexível para análise completa de genomas bacterianos. O objetivo do Bactopia é processar seus dados com um amplo conjunto de ferramentas, para que você possa chegar à parte mais interessante das análises mais rapidamente!

Bactopia foi inspirado pelo Staphopia, um fluxo de trabalho voltado para genomas de Staphylococcus aureus. Utilizando o que aprendemos com o Staphopia e o feedback dos usuários, o Bactopia foi desenvolvido do zero tendo como prioridade desde o início a usabilidade, portabilidade e velocidade.

Bactopia usa Nextflow para gerenciar o fluxo de trabalho, permitindo suporte a muitos tipos de ambientes (por exemplo, cluster ou nuvem). O Bactopia permite o uso de muitos conjuntos de dados públicos, bem como seus próprios conjuntos de dados, para aprimorar ainda mais a análise do seu sequenciamento. O Bactopia utiliza apenas pacotes de software disponíveis no Bioconda e no Conda-Forge para tornar a instalação o mais simples possível para todos os usuários.